コンピュータ、またはそれによって制御される機器の主要な動作を決定するプログラムでメインプログラムと呼ばれることもある。
ゾンダー、およびゾンダリアンから構成される機界文明は機界昇華マスタープログラムにより、その行動、あるいは存在そのものをも規定されているといわれている。即ち、このマスタープログラムなしに機界文明とその構成要素はあらゆる行動はおろか、存在そのものを保てなくなるのである。
機界文明はこのマスタープログラムを３１に分割、記録しているが、この分散したマスタープログラムの維持と防衛、そして機界昇華実行戦力としているのが機界３１原種である。原種たちの核、即ち原種核は分割されたマスタープログラム＝ゾンダークリスタルを元にしており、原種核を浄解するとゾンダークリスタルの状態に還元できる。これら３１個のゾンダークリスタルを集結させた後、再び浄解を行うことでマズタープログラムは消去され機界文明は消滅、進行中の機界昇華をリセットすることができるとされている。ソルダートJ、トモロ０１１７、そしてアルマこと戒道幾巳少年らはこのマスタープログラム消去のため活動を続けていたと推測される。緑の星で作り出されたＧストーンは本来、独力による浄解ではマスタープログラムと「対消滅」する可能性が高かったラティオ（天海護少年）を補助する為のものであったとも考えられている。
木星決戦においてジェイアーク・ＧＧＧ連合艦隊は死闘の末Ｚマスターを殲滅、マスタープログラムの確保に成功。マモル少年がこれを消去し機界文明は滅亡した。
なお、原種核あるいはゾンダークリスタルを破壊することでマスタープログラムに欠損が生じた場合、いかなる事態が生じるのかは判明していない。機界文明の殲滅を目的としていたジェイアークだが、たとえどのような状況においても原種核そのものの破壊を行おうとは決してしなかった。これはプログラムに欠損が生じることによって機界３１原種が、その欠損を補うために更なる種としての進化を遂げる可能性を憂慮したからではないかとも、散っていった同胞に対する弔いのための儀礼的な拘りゆえだったともいわれている。前者に関しては考慮の余地が残っている。原種の更なる進化の結果、最終手段としてのアルマ、あるいはJジュエルを用いた対消滅による原種殲滅をも意味をなさなくなる、たとえば機界新種のような個体の出現だけは、彼らにとって絶対に避けねばならない事態であったはずである…。