原種核を浄解することで得られる紫色の結晶。３１ピースからなる球形のパズル、マスタープログラムのパーツで、その形状は様々である。ピースひとつひとつがプログラムの一部ではあるが、この状態では浄解による消滅は望めないようだ。例えゾンダークリスタルを破壊したとしても強力な自己再生修復能力を持つ機界３１原種はすぐさま欠損部分を復元してしまう可能性はある。機界３１原種の侵攻を確実かつ永続的に阻止しようとするならば、やはりゾンダークリスタル３１個からなるマスタープログラムを浄解するより他に手段はないのである。Ｊアーク一党の目的はこのゾンダークリスタルを収集することにあった。
これまで、この状態にまで変化すれば、いかに機界３１原種といえども再生復活は不可能といわれていた。機界最強７原種はオービットベース襲撃の目的の一つにゾンダークリスタルの奪回を掲げていたが、これはマイクサウンダースシリーズのサウンドディスクへの活用がなされるのを恐れたためと、いずれ機界昇華終結後に全原種によるマスタープログラムへの連結によって、倒された原種達の再生を試みる意図があったようである。しかし、心臓原種は木星の無限エネルギィ、ザ・パワーを利用することで、マスタープログラムの修復、原種核の再生を瞬時に成し遂げた。