「星々の彼方から訪れる３１のあらゆる源。ここに始まりここに終わる。」
ギャレオンのデータバンクに記されていた真の脅威。｢原種」と略称されることが多い。すべての機界文明のもととなった存在で、それぞれが生物体の一部を思わせる形状をとっている。生物、無生物を問わずに融合することができると思われるが、或いは生物と融合できるのは機界最強７原種のみであるのかもしれない。いずれにしても原種は他の物体と融合することで、その能力を自在に発揮するようになる。機界最強７原種の様に人間並みの知的生命体と融合すれば言葉を話すことも出来るようだ。おそらく最初に来襲した３体の原種がガオガイガーと対峙した際とっていたのが機界３１原種本来の姿であろう。この他に恒星間航行用と思われるオブジェ形態が確認されている。これは巨大な六角柱で、底面には強力な光学兵器を備えている。
本来は紫の星で創られたマイナス思念発散作用を持つ生体ユニットを制御、統制するためのマスタープログラムとして開発されたが､事故か､人為によってか独自のプログラムにしたがって暴走を開始。爆発的な速度で進化､増殖し、生体ユニットを変質させてゾンダーメタルを創り出し、三重連太陽系の有人惑星を瞬く間に機界昇華し、現在は外宇宙へ侵攻を果たしている。
その基本的な性質はゾンダーとほぼ変わりはないが、そのパワー、装甲はゾンダーロボを遥かに上回っており、ガオガイガー渾身のヘル・アンド・ヘヴンを真正面から撃砕するほどである。また体内でゾンダーメタルを精製できるほか、単体でＥＳウインドウを開くことが可能。その核は浄解することによりゾンダークリスタルとなる。そのゾンダークリスタルの３１種を全て用いてパズル状に組み立てて完成するのが、マスタープログラムであり、ソルダートＪと戒道少年は、このマスタープログラムの完成および、浄解を最終目的としている。
機界司令パスダーの敗北を受けて、地球に来襲。原種３１体を以って一気に地球人類をゾンダー化せんと来襲するが、マイク部隊とジェイアークに阻まれ核の状態で地球全土に落下し現在は休眠中であるが、それぞれの核がいつ目覚めてもおかしくない状態にある。覚醒した原種は世界各地に存在する歴史遺産と融合し､パリアッチョの命令に従って活動する｡ＺＸ（ゼックス）のコードネームで呼称され、ゾンダーロボと同じく出現順に番号が割り当てられる。以下はその対応表。