『勇者王ガオガイガー』の正式な外伝漫画として、漫画雑誌『電撃大王』に１９９９年５月号から１０月号まで五回にわたって連載された。『勇者王ガオガイガー』と『勇者王ガオガイガーＦＩＮＡＬ』の間隙を埋める物語として、ファントムガオーをはじめとした新ガオーマシンの開発に全力を挙げるＧＧＧと、それに介入し、新ガオーマシンの奪取を目論むバイオネットの戦い、そしてそれに絡み合うバイオネットに翻弄される人々の悲哀を描く。
外伝オリジナルキャラクタとして、新ガオーマシンのファイナルフュージョンプログラム開発者である超天才児・アルエットや、ガイとミコトのかつての同級生にして、ガイを強烈にライバル視している鰐淵シュウなどが、木村貴宏氏の手により新たにデザインされている。外伝小説『獅子の女王』からはルネ・カーディフ・獅子王や光竜、闇竜、パピヨン・ノワールがゲストとして登場。また高之橋博士、バイオネットの高級幹部ギムレットなど『ＦＩＮＡＬ』に登場するキャラクタたちも登場している。特にギムレットはここで初登場を果たしている。
『超弩級戦艦ジェイアーク 光と闇の翼』から引き続き、脚本・構成に竹田裕一郎氏と新たに北嶋博明氏を迎え、作画は大森葵氏が担当した。悲劇のライバル・鰐淵シュウの熾烈な生き様や、可憐かつクールなアルエットの魅力が好評を博した。１９９９年１１月には『超弩級戦艦ジェイアーク
光と闇の翼』と共に単行本にまとめられ『勇者王ガオガイガーＦＩＮＡＬ
ｔｈｅ
ＣＯＭＩＣ』としてメディアワークスより発行されている。