ＧＧＧベイタワー基地・Ｂライン内ヘキサゴン中央部に設けられたＧＧＧ中央司令室。宇宙開発公団ビルとその地下であるベイタワー基地を貫くメインシャフト中央部にあり、ＡラインとＢラインのちょうど境界に当る為、特別にゼロラインと呼ばれることもある。ゾンダーの出現やそれに準じる事態が発生した際には大河長官以下、参謀、スーパーバイザー、各メインオペレータが会するが（もっとも火麻参謀は現場主義者のために不在のことが多い）、それ以外の場合はオペレータ一名以上が交代制で常駐しているのみである（なお猿頭寺諜報部主任オペレータはここを生活の基盤としているため「常駐している」と言えないこともない）。ここはあくまでも「有事」に際して使用される場なのである。
内部には広大な空間が確保され、長官の指揮卓をはじめ、各オペレータと参謀、スーパーバイザーにそれぞれ座席が設けられており、正面のメインモニターには衛星撮影などによる現場状況や各状況の分析結果などが表示される。この他、平時には基地外の海中の様子やＴＶ放送を受信して映し出すこともある。なお、メインモニターの対面、長官卓の後背部にはブナ、ナラ、カシなど立木やツツジ、ナンテンなどの低木（これらの木々の手入れや世話をするのは整備部主任オペレータである牛山隊員である）が天然の芝生の上に植えられており、ベンチに腰掛けて森林浴を楽しむこともできる。
戦いの場でありながら、一種リフレッシュルームのような雰囲気も漂う、落ち着いた空間である。しかし、メインオペレータや特別隊員など以外が普段から入室している形跡がないことから、入室には厳しい制限が設けられていると考えられる（内部の掃除なども獅子王麗雄博士の発明品である掃除ロボットが請け負っているようだ）。
スワン・ホワイト研究部主任オペレータの操作によって部屋全体がメインシャフト内を降下（リフトダウン）し、Ｂライン中央のビッグオーダールームへと移行することができる。ここは機動部隊を構成するＡＩロボットたちと共同で会議を行うことができる巨大司令室となっている。
ちなみにこのメインシャフトは宇宙開発公団ビル最上階まで貫通しており、大河幸太郎はそこにある公団総裁執務室からＧＧＧ長官指揮卓へと直接かつ迅速に移動することが可能となっている。「総裁」から「長官」への変身(笑)もこの間に行われている。
ＧＧＧがその本拠を衛星軌道上のオービットベースに移して以降もＧＧＧの中央司令室として使用された（もっともこれにはオービットベースの中枢部分がヘキサゴンの収容を前提として建造されており、原種襲来に際してヘキサゴンを収容して以降もそのままに運用されてきたため、という事情がある）が、犬吠埼、野崎、平田の三博士やアメリカより正式にＧＧＧ隊員となったスタリオン・ホワイト、獅子王雷牙博士といった人員が新たに司令部に編入された為にそのスペースは拡大され、名称もセカンドオーダールームへと変更、一般隊員の出入りも可能になっている。