ゾンダーロボの中枢とも言うべき紫色の発光する球体のこと。ゾンダーメタルを植え付けられた知的生命体がゾンダーメタルと融合、変化した状態で、いわばゾンダーの本体である。機械類に寄生することでその機械の身体、能力を我が物とすることが出来、自らは中枢にあってゾンダーロボの行動を司る。ゾンダーロボはこのゾンダー核を失うと制御を失いその身体を維持することすらままならなくなってしまう。ゾンダー核はゾンダーロボの「頭脳」であり「心臓」でもある。基本的にこの「ゾンダー核」の状態では単体で行動することは出来ないが、自在に人型へと変形、機械類を伝っての逃亡が可能であり、ゾンダーロボからゾンダー核を摘出した後は可能な限り迅速に浄解が行われなければならない。
このゾンダー核には素体となった知的生命体が、いわば「封印」されており、ゾンダー核が破壊された場合、素体に危険が及ぶ可能性は大いにある。当初ガオガイガーの必殺技として生まれたヘル・アンド・ヘヴンは核の摘出と破壊を目的として開発されたものだが、以上の事柄がマモル少年の協力によって判明してからは、核の摘出のみがその主任務となった。