人が何かの抗原にさらされたとき、その抗原を認識しようとリンパ球が動き出す。ただ動くのではなく、数多くの抗原の中からリンパ球自身、この抗原と反応しようと自分から選んでいる。なぜそういうことが起こるのだろうか？そう考えたのが最初のきっかけで、様々な免疫反応の基礎が分かってきた。
抗原は抗原提示細胞によって提示され、これをT細胞が認識するのであるが、これは、ただ提示する側が細胞表面に抗原の断片をだしてそれを認識しているのではないのだ。ではどうしているのか？

抗原は抗原提示細胞の持つMHC分子の溝に小さな断片になって入り込む。自分はこの抗原を食べたぞ！！と、特徴あるペプチド断片を提示するのだ。そして、これをT細胞上のTCRというものが認識する。この際に様々な他の分子、例えばCD40, CD40Lなどなど、も関与してくる。こういう細かいところはともかく、こうして抗原は認識されるのである。
ではMHC　Class IとClass IIってなんだろうか？？
T細胞にはCD4分子を持つものとCD8分子を持つものがある。CD４分子を持つものはヘルパー活性を持ち、CD8分子を持つものはキラー活性があるが、このヘルパー活性を起こすのに必要な抗原認識機構に抗原提示細胞上にあるMHC Class IIが使われ、キラー活性を起こすのにMHC Class Iが用いられるのである。
Class Iはほとんどの組織細胞の表面に存在しており、抗原を取り込んでそのペプチドを挟むと、CD8陽性T細胞と反応してキラー活性を起こす。例えば、ウイルス感染細胞の破壊などを起こすのである。
一方、Class IIはB細胞、樹状細胞、上皮細胞などの表面に存在して、抗原を取り込み、ペプチドをその溝に提示するとCD4陽性T細胞とともにヘルパー活性を起こす。要するに、B細胞が抗体を産生するのを助けたりするのである。これらの活性化にはこの他に様々な分子、細胞内のシグナル伝達物質などが関与してくる。そこまで行くとかなり難しくなるので、今回は省略しよう。
簡単に言うと、ヘルパー活性とは体内に取り込んだ抗原に対して抗体産生細胞が抗体を産生するのを助けるなどの反応であり、キラー活性とはウイルスに感染してしまった細胞などを除去していく、そんな反応なのだ。これらをそれぞれClass II、Class Iが拘束しているという事なのである。