両者共、古来から親しまれた花でよく似ており、花姿も良い事や上記の伝説等から、選ぶのに難しい美人を比較した決まり文句になったと思われるが、実際には花の区別はそう難しいことでは無い。
最大の違いはアヤメには花びらの基の部分に網目模様があるが、カキツバタやハナショウブには無い。　更に、アヤメは尾瀬のアヤメ平や、櫛形山の群生等、山の花としても名が有るように乾燥した草原に咲き、カキツバタは水の中で、ハナショウブは湿地に咲く。　咲く時期もアヤメが最初に咲き、カキツバタやハナショウブが後である。
アヤメの名前の由来も諸説あるが、古来よりサトイモ科の菖蒲（しょうぶ）の事をアヤメグサ（文目草）、アヤメの事は葉が似ているのでハナアヤメと呼んでおり、この名残から現代ではハナアヤメがアヤメになり、アヤメグサは菖蒲（しょうぶ）になったとの説が一般的である。　
ハナショウブの事を現代でも一般的に菖蒲（しょうぶ）と呼ぶのでややこしいが、サトイモ科の菖蒲は花も全く異なる。　匂いが良いので五月の端午の節句に菖蒲湯として使われるが、アヤメ科のハナショウブとは別物である。　万葉の時代にサトイモ科の菖蒲の事をアヤメ草と呼んだ名残か、現代でも菖蒲と書いて、ショウブと読ませたり、アヤメと読ませたりするので日本語も難しい。　
他の説は単純にアヤメの花の網目模様を　「綾目」　としアヤメになったとの説であるが、古来からアヤメは菖蒲の事であり、この説は近世の人が勝手に付けたものであると思われる。
カキツバタは花の汁で布を染めた事から　「書付花」　がカキツバタになったとの説が有力であるが、これも諸説ある。　
「いずれアヤメかカキツバタ」　と言われるようにアヤメもカキツバタも花姿の美しい植物で、かっては何処でも自生種を見られたが、現代ではアヤメの自生種は未だあちこちで見られるものの、カキツバタの自生種を見る事はなかなか難しく上の写真もわざわざカキツバタの名所に出かけたものである。