小説版のあらすじ。映画版の流れもほぼ同じだが、クライマックスに違いあり。
ブーンはある日、自分のかかりつけの医師デッカーから、数人もの惨殺体の写真を見せられる。デッカーによれば、これは、ブーン自身が犯した殺人で、彼自身が知らないうちに行っているという。ショックを受けたブーンは、自殺しようとするもののそれはかなわず、病院に搬送される。ブーンはそこで、ナルシスという男から「ミディアン」という街の存在を聞かされる。そこは、社会から忌み嫌われている「怪物」達の安息の地だという。自分も怪物の一種だと考えたブーンは、一人ミディアンに向かう。
ミディアンに辿りついたブーンは、ミディアンの住人「夜の種族（ナイトブリード）」であるペロキンに肩口を食い破られる。餌にされかけたブーンは、命からがらミディアンの中の廃墟に隠れるが、警官に包囲される。デッカーが説得に当たるが、そこで真相が明らかになる。
実は連続殺人はブーンではなく、デッカーがやったこと、「楽しいから」という理由で人を殺しているデッカーは、ブーンが精神不安定なのをいいことに、彼にぬれぎぬを着せようとしたのだった。そしてブーンは、デッカーが思った通りに、警官達に蜂の巣にされる。
一方、ブーンの恋人ローリーは、警察署からブーンの死体が消えたことから、自らもミディアンに行く。彼女は、ミディアンの怪物達が、彼の死体を盗んだと思ったのだ。ミディアンの近くにあるシェア・ネックの街で、ローリーはシェリルという女性と知り合いになり、彼女と一緒にミディアンに行く。そこでローリーは、瀕死の状態だったバベットという少女を助けた。そして、夜の種族のリーダー格のライルスバーグに会い、ブーンを返してほしいと頼んだが、返事はつれないものだった。
憮然としたローリーはいったんシェア・ネックに帰る。気分転換もかねて、シェリルとともに、彼女の新しい恋人カーティスに会いに行く。しかし、カーティスは実はデッカーだった。シェリルは殺害され、ローリーもデッカーに追われるが命からがら逃げ出す。しかし、デッカーがブーンを見つけるためにわざと泳がせたのだった。
ミディアンに逃げ込んだローリーがあわや、というとき、ブーンが助けに現れる。しかし、デッカーは命拾いをする。ブーンは「ミディアン」の創造主、バフォメットにこの一件に関する弁明をしに地下の奥底に向かうが、あることをいわれ、呆然とする。ローリーは抜け殻の様になったブーンを引きずって、シェア・ネックの宿に帰った。
そこで二人が見たのは、宿の従業員と宿泊客の死体だった。ミディアンから逃げ帰ったデッカーが、腹いせに血祭りに上げたのだった。そのデッカーの通報によって、警官隊が宿に到着。ローリーは急いでここを離れようとするが、死体を見て夜の種族の血が表れたブーンは、その死体を食べ始めてしまう。仕方なく、ブーンを置いてその場を離れるローリー。幸いにも、ブーンは射殺されることなく、鑑別所に拘留された。
ブーンを助け出し、デッカーの人間の皮を剥いでやる方法を思案するローリーの前に、ナルシスが現れる。二人は協力して、ブーンを助け出す事になった。一方、デッカーは警察署長のアイガーマンにミディアン壊滅を進言する。ミディアンの住人達を皆殺しにする為、警察署の警官達はミディアンに向かう。
手薄になった警察署で、ローリーとナルシスはブーン救出に成功。無気力になっていたブーンは、ローリーの叱咤で立ち直り、自らのまいた種で危機に陥ったミディアンを救いに戻る。
そして舞台はミディアンに戻り、ストーリーは終盤へ。
以下は各自で御確認を。