第9章にて、魔法「パトネル」の存在が明らかになるが、実は序章、レイトンの研究室に現れた大魔女も、この魔法でマホーネを眠らせている。
ただし、アニメーションムービーでは「パトネルーファ」（？）のように聞こえるが。
「この証人が、イシキを失った‥‥その《真相》は、おそらく。」は、睡眠薬などが使われた、というのが正解なのだが、「他の魔法が使われた」を選ぶと、真宵が魔法大全を指して「この“鈍器”をめくって調べるの、タイヘンなんだから。」と怒ってくる。
最後の裁判では9章半ばまで、真宵は兜を被りパン屋のエプロンを着て弁護席に立っている（レイトン登場時のアニメーションムービー除く）。
（“襲撃者”は‥‥ジョドーラ検察士長。それを決定的に《立証》するのは‥‥）で、「《人物》を提示」を選び、任意の誰かをつきつけると、ジョドーラに「アヤシイ人物を指さすのなら、とりあえず、横の不審人物にでもつきつけるがよかろう」と言われ、真宵からは不審人物扱いされたことを怒られてしまう。
ちなみに、レイトン登場後の「検察士長殿が、鐘楼の階段を上ったとき‥‥被告人を背負っていたことを示す証拠とは！」でミスした時も、ジョドーラは真宵を不審者扱いする。
レイトンが登場する直前、成歩堂の（‥‥ジョドーラ検察士長‥‥彼女を証言台に立たせないかぎり‥‥）で始まるセリフでは、成歩堂が弁護席をウロウロする。成歩堂の3Dモデルを観察しやすいポイントでもある。
レイトンが検察席に登場後の第9章中盤以降の尋問でミスした時のセリフパターンは3種、そのうち2種は第2章や第4章でも出てくるが、1つだけレイトンが登場する専用セリフがある。
専用セリフでは、成歩堂がレイトンに助けを求めるが、「闘いはフェアにいきたいものです。‥‥英国紳士としてはね。」とやんわり断られる。
成歩堂は心の中で（さすがは“冷酷”検事だな）とダジャレ（？）を言うが、レイトンに「英国紳士です」と突っ込まれる。
ジョドーラへの尋問「事件当時のこと」で、「存在を知られてはならぬ理由があったゆえ、～」をゆさぶると、途中でマーダラが反応し、それをといつめるのが正解なのだが、といつめをせずにジョドーラの話を聞くと、「警備に関わる者たちの注意をうながすための笛」というアイテムが、絵と共に登場する。この絵が登場するのはここだけ。
通常、尋問・質問では、成功すると音楽が一度止む。
ジョドーラへの尋問「事件当時のこと」では、マーダラをといつめた後に、ある証言に証拠品をつきつけなければならない。
マーダラをといつめる前に、同じ証言に証拠品をつきつけても失敗するのだが、この時、成功時同様に音楽が一度止んでしまう。
なお、音楽は尋問に戻った時に復活する。
尋問「“ヨーマ”」の最中に真宵が兜を脱いだ後、サイバンチョが名前を「マヤサト・アヨイ」と言い間違えるが、英語版の逆転裁判では、綾里真宵はMaya Feyなので、「マヤ」の部分はやや合っている、かもしれない。
尋問「“ヨーマ”」では、ジョドーラが「ウィッチオルデの森の住人、ヨーマの“目的”は‥‥ただ、ひとつしかない。」と発言した後に、魔法大全の魔法を直接つきつけるか、ゆさぶった後につきつければ正解となる。
ゆさぶりルートで、証拠品つきつけを失敗すると、ジョドーラが、第5章ノミ市での爆発事件は、成歩堂を吹っ飛ばすことが目的だったと衝撃の事実を明かす。
マーダラの証言「ジョドーラ様は、私たちヨーマに《指令》を～」をゆさぶった時に、真宵が冗談半分で、爆発事件の目的は成歩堂を吹っ飛ばすことだったのでは？ と言うが、どうやら本当だった（？）らしい。
‥‥ということは、マーダラは任務に失敗していなかったということなのだろうか？（鐘を落としたり、成歩堂たちに姿を見せてしまったことはミスであろうが）
証言「ヨーマは、この町をウラ側から支えている。～」に対してムジュンする証言に失敗すると、レイトンのダメージモーションが見られる。
ミスしたのは成歩堂なのに、レイトンがダメージを受けるあたりがなかなか面白い。
ちなみに、ここでミスした時の皆の異議ありボイスも、第4章同様に若干疑問形（疑問形なのはレイトンだけのようにも聞こえる）。
なお、レイトンのダメージモーションは次の終章でも何度か見ることができるが、いずれもペナルティをくらう質問をミスった時のみ。