タッチパネル左下から見ることができるメニュー画面について色々。
メニュー画面には、「ふかまるナゾ」と「せってい」のところにキャラクターのイラストがある。
ゲーム開始時、序章の前半（アドベンチャーパート）では、「ふかまるナゾ」にレイトンのイラスト、「せってい」にルークのイラストがある。
序章後半（裁判パート）では、「ふかまるナゾ」に成歩堂のイラスト、「せってい」に真宵のイラストがある。
この後も、アドベンチャーパートのみの第1章ではレイトン＆ルーク、裁判パートのみの第2章では成歩堂＆真宵のイラストが表示されるが、4人が合流する第3章以降では、「ふかまるナゾ」にレイトン＆成歩堂のイラスト、「せってい」にルーク＆真宵のイラスト、となる。
カバンメニュー上画面には、「トータルひらめき指数」、「ひらめきコイン」の枚数、プレイ時間が表示される。
更に、アドベンチャーパートの時はレイトンのアイコンの隣に現在地、裁判パートの時は成歩堂のアイコンの隣に「べんごりょく」の値が表示される。
第5章～第7章の間、アドベンチャーパートにレイトンがいない時も、アイコンはレイトンのまま。
また、「べんごりょく」の表示は、序章のみ「逆転裁判」、「逆転裁判 蘇る逆転」と同様に「！」マークで示されるが、ラビリンスシティでの裁判では盾マークになる。
セーブデータから開始すると、それまでの物語の要約をキャラクターたちが語ってくれる。
この内容は、カバンメニューの「ものがたり」で確認可能。
ここでしかわからないエピソードや、面白いコメントも見られる。
ナゾじてんでは、これまでに解答したナゾを解くことが可能。
ストーリー中でナゾを解く場合、最後に「ナゾ解明！」や「失敗」時に登場するキャラクターはナゾで固定だが、ナゾじてんで解くと、キャラクターは「現在一緒に行動中のキャラクター」から選ばれる。
裁判中でもナゾトキができるが、例えば第4章で、真宵が檻（被告人席）の中に捕まっており、ルークが検事側証人として証言している時でも、真宵やルークが登場したりすることもある。
なお、ナゾじてんのナゾトキでミスしてもペナルティはないので、ナゾトキ失敗時のセリフを確認したいのなら、ここでやるといいだろう。
「ボイスボリュームちょうせい」では、ゲージを動かすごとに、レイトン、ルーク、成歩堂、真宵のボイスがランダムで選ばれて流れる。
セーブ時の効果音は、アドベンチャーパートではレイトンシリーズのもの、裁判パートでは逆転裁判シリーズのものが使われている。
また、セーブデータのアイコンは、ストーリーの進行度合いによって変化する。
基本的に、アドベンチャーパートはレイトン＆ルーク、裁判パートは成歩堂＆真宵のアイコンになる。第5章などの例外も存在する。
第2章では成歩堂と真宵の服装がパン屋のものになるなど、ネタが細かい。
クリアデータのセーブでは、本編で70個全てのナゾを解いている時のみ、レイトン＆成歩堂のアイコンが金色になる。
＊アイコンが金色になる条件について修正しました。情報提供くださったはるまき様、ありがとうございます。
＊クリア後についてもご参照ください。