第3章以降行くことが可能な「検察士控え室」、画面右側のジョドーラの机はきちんと整理されているが、画面左側のジーケンの机は散らかっている上、ヒビまで入っている。床にはチューケン用と思しきホネが落ちているし、背後の掲示板にはジョドーラや、ジーケン＆チューケンの落書きが貼ってあったりと、裁判の時の彼とはかなりイメージが異なる。
ジーケンの机を調べた時のレイトン曰く「親しみを感じる」。机周辺や掲示板を調べた時のコメントも面白い。
また、ジョドーラの机の背後の絵は、後に行くことになる「大魔女邸」のもの。彼女の正体の伏線である。ゲームとしては伏線なのだが、彼女がなぜこのような絵をわざわざ飾っているのかということを考えると‥‥よくわからない。
真宵が居る状態で大図書館の「特別閲覧室」に行き、正面にある棚の左にかかっている絵を調べると、絵のタイトルが判明する。しかしとんでもないタイトルである。
真宵とルークでクローネを探す最中、「パン屋店内」でかまどを調べると、お店が危機に陥る（？）。また、パンの並んでいた棚を調べると、ルークが真宵の焼いたパンの形をさり気なく批評する。この後に「大図書館内部」で彫像を調べた時のコメントからしても、真宵のパン作りの腕はまだまだのようだ。
「市街地中央部」の画面右上の看板を調べると、大抵、「この店はいつも開いていないが何の店だろう」という会話になる。しかし、真宵とルークがクローネを探す最中は、この店の正体を真宵が教えてくれる。だが、真偽は若干ナゾ。
昼間に「市街地中央部」で猫を調べると、真宵が猫のヒゲをゆずってほしいと言う。その理由は‥‥。
昼間に「広場」の鐘楼入り口を調べるとレイトンたちのコメントが出るが、この時の成歩堂のコメントはレイトンたちが居るからか、丁寧な「ですます」調。だが、後で成歩堂と真宵ふたりの時に来ても同じコメントが出る。つまり、真宵とふたりなのに「ですます」調のまま。
ナゾ39「バラバラ馬車」は、成歩堂と真宵が、グレとの会話の後テルに話しかけることによって発生する。
テルには、成歩堂と真宵は知らない人だし、魔女かもしれないから、ナゾに正解したら信用する、と言われる。だが、ナゾトキが始まってから、「あとでとく」を選ぶと、やっぱりあやしい人だとテルに泣かれてしまう。
レイトンたちがストーリーテラーと会うイベント後に、「執事室」のアルグレイと会話すると、ベルデューク、アルグレイ、グレとテル4人の1枚絵を見ることができる。ストーリーの本筋ではない部分で見られる貴重な1枚絵である。