研究テーマ
1. 橋本啓史（個人）平成14年度京都大学教育研究振興財団助成事業 国際研究集会（韓国・ソウル VIII INTECOL 渡航費助成）, 2002.8., 100,000円
2. 橋本啓史（代表ほか協力者1名）日本林業技術協会平成15年度学術研究奨励金「野生生物ハビタットモデリングのための高分解能リモートセンシングデータ処理法の開発」, 2003.4.〜2004.3., 1,000,000円
3. 橋本啓史（個人）日本学術振興会特別研究員(DC2&PD)・平成16年度文部科学省科学研究費補助金（特別研究員奨励費）「リモートセンシング を利用した野生生物ハビタットモデリングとその緑地計画への応用」, 2004.4.〜2006.3., 初年度1,000,000円・2年目900,000円
4. 森本幸裕（研究分担者ほか7名）平成18年度日本学術振興会科学研究費補助金（基盤A）「階層的な自然再生グランドデザインに関する研究」, 2006.6.〜2010.3.
5. 橋本啓史（代表）平成19年度文部科学省科学研究費補助金（若手研究B）「都市の三次元的景観構造が樹林性鳥類の分布に及ぼす影響」, 2007.5.〜2009.3., 初年度3,200,000円, 最終年度500,000円（＋間接経費150,000円）
6. 橋本啓史（代表ほか分担者1名）滋賀県委託研究・湖岸環境変遷調査（水鳥調査）, 2007.10.〜2008.3., 2,691,796円（間接経費込み）
7. 新妻靖章（共同研究者ほか1名）堀情報科学振興財団第17回（平成19年度）研究助成「ツキノワグマ保全管理のための生息地利用形態の解明と地理的情報システム（GIS）を用いた解析に関する研究」, 2008.4.〜2009.3., 700,000円
8. 新妻靖章（共同研究者ほか1名）財団法人中部電力基礎技術研究所第20期（平成20年度）助成「送電線維持管理作業による森林伐採地を利用するツキノワグマの食性解析および利用様式の解明」, 2009.4.〜2010.3., 1,700,000円
9. 上條隆志（研究分担者ほか2名）平成24年度科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤C）「火山灰堆積地の生態系回復における化学的改変者と物理的改変者の効果」, 2012.〜2015.3.
10. 児島利治（研究分担者ほか2名）令和2年度科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤C）「プロセスの相互関係を考慮した森林生態系サービス評価統合モデルの開発」, 2020.4〜2024.3.
11. 日野輝明（研究分担者）令和5年度科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤C一般）「都市内の河川敷と周辺緑地に生息する哺乳類の多様性に及ぼす連結化と分断化の評価」, 2023.4〜2026.3.
12. 岡村悠太郎（研究分担者）2024年度 BirdResearch 調査研究支援プロジェクト「エコロジカルトラップからスズメを守る−巣立ち率の悪い営巣環境とその条件に関する調査−」, 2025.4〜2026.3.
13. 橋本啓史（代表）2025年度科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤C一般）「市街地に集団塒を形成するムクドリの行動圏、採餌場所および集団塒間の交流の解明」, 2025.4〜2028.3., 初年度1,600,000円, 2年目1,800,000円, 最終年度100,000円（＋間接経費）
14. 橋本啓史（代表）（公財）シキシマ学術・文化振興財団 第40回（令和6年度）研究助成「日本最大規模のサギ・コロニーで繁殖するチュウサギは濃尾平野の水田を農事暦にあわせてどのように利用しているのか？」, 2025.4〜2026.3., 500,000円