全て挙げるとかなりの量なので、主なものを掲載。
ナルホド
わかった。今度イトノコ刑事に
会ったら、聞いてみるよ。
DS版：
ナルホド
イトノコ
梅世さんは、怪しげでも
ピンクでもないッス！
い、いや‥‥ピンクは
ピンクッスけど‥‥。
DS版：
イトノコ
ナルホド
このやり方は、
ぼくの武器なんです！
このやり方で、ぼくは
真犯人を見つけたことがあります！
DS版：
ナルホド梅世の語尾の星マークが
GBA版：★
DS版：☆
ミツルギ
ひ、被告の携帯電話だと‥‥！
聞いてないぞ私は‥‥
DS版：
ミツルギ
ナルホド
なんでそんなに、ネジくれた
性格をしてるんだ？
DS版：
ナルホド
綾里法律事務所の上面図について：
DSで画面サイズが変わったため、綾里法律事務所上面図が画面一杯に大きく表示されるようになった。
犯人の位置当てなどで、ほんの僅かであるが犯人/被告人の位置がずれている。
２日目・探偵（第二回探偵）、星影法律事務所での会話「小中のこと」での選択肢で「大きな絵」を選んだ後、更に選択肢が出るが
GBA版
情報提供者
脅迫される者とされる者
愛する者と愛される者
DS版
先輩と後輩
脅迫される者とされる者
愛する者と愛される者
GDS版の3択はGBA版の「小中のこと」での選択肢で「引き受けない理由」を選んだ後の選択肢と同一であり、
DS版で「大きな絵」→「先輩と後輩」を選択した後の会話はGBA版「大きな絵」→「情報提供者」と同じであることから、
DS版の選択肢に間違いがあるということであろう。
なお、書籍「逆転裁判 蘇る逆転 脚本大全」はDS版テキストを元にして作られているために、同じ誤字がそのまま掲載されている。
この誤字はスマートフォンアプリ以降で修正された。