チェスボード色々

• 「チェスボード」の証拠品詳細画面で、中のコマを調べると、御剣の執務室にあるチェスのコマは特注品であることが判明する。
• 前編でイトノコに「チェスボード」をつきつけると、イトノコの華麗なボケを聞ける。更に御剣から「チェックメイト」の語源も聞くことができる。
• 信楽に「チェスボード」をつきつけると、御剣は信楽にチェスで勝ったことがないことが解る。
• 中編で、猿代草太に「チェスボード」つきつけ後に「死体の所見メモ」をつきつけると、更にチェスボード関連の話が聞ける。だが、5話までプレイした後に改めて聞いてみると恐ろしい。
  なお、後編ではチェス関連の証拠品である、「内藤のメモ」「猟犬のコマ」をつきつけても専用セリフがある。

カリフォルニア巻き

前編に登場する信楽盾之のおみやげ「カリフォルニア巻き」は、「逆転検事2×パセラ コラボイベント華麗なるミステリー2」のメニューのひとつ「信楽のお土産 カリフォルニアロール」とのコラボである。下リンク参照。

逆転検事２×パセラ 華麗なるミステリー２ | 人気アニメ・ゲームとパセラのコラボ情報サイト「パセラボ」

囚人番号

折中秀治の囚人番号は「D-259」。「脱獄」の語呂合わせである。
鳳院坊了賢の囚人番号は「B-055」。0をO（オー）、5をSと読めば「BOSS（ボス）」となる。
山野星雄はエプロンを着ているため、残念ながら囚人番号を確認することはできない。

囚人番号の語呂合わせは、「逆転裁判3」第4話に登場した尾並田美散の「O-73D」（おなみだ）が初出。

なお、折中秀治の隣の囚人の囚人番号は「D-258」。特に語呂合わせはない。

山野星雄との対決

「逆転裁判」第1話で一番最初に尋問することになる記念すべき証人、山野星雄。
キレてカツラを主人公に投げつけるなど、今作での対決は、「逆転裁判」第1話のオマージュとなっている。
また、「逆転裁判」第1話の証言「事件の当日、目撃したこと」と、逆転検事2での証言「死体発見時のこと」のテキストに似た部分がある。

674体

中編で鳳院坊了賢が「仏像を674体彫ったところでやめた」と発言するが、674は「むなしい」の語呂合わせであろうか。

証言の添削

中編の一柳との対決「逮捕した理由」では、証言をゆさぶると全て修正される。
全ての発言が修正される証言は、逆転シリーズ史上初である。
音楽と相まって笑えるシーンだ。

↓修正後

なお、「光より光速」は誤植ではない。この証言をゆさぶれば解る。

金属探知機

「逆転裁判」第4話で初登場し、「逆転裁判3」第5話では実際に操作もできた金属探知機。今作でも操作可能であり、「逆転裁判3」第5話と同様、正解以外の場所にも反応し、調べると面白いコメントを見ることが可能。
なお、一度調べた場所は二度と反応しなくなる。

• ミリカの立っている場所の下付近
  「糸鋸圭介の七つ道具」の6か7、「磁石」の活躍が見られる。
• 竹馬の下付近
  刑務所のヘンテコな行事が判明する。

なお、金属探知機の捜査中は、Yボタンで操作方法の確認ができる。
また、人物に接近して話しかけると、御剣に怒られる。

音楽開始タイミングのズレ

対決パートでは、対決用カットインが入って対決のタイトルが表示、Aボタンでメッセージを送ると、画面左上に「推理中（または証言中）」の表記が出て証言が開始される。この時、通常はAボタンでメッセージを送った後から音楽が流れる。
しかし、この第2話後編2、水鏡との2回目の対決「猿代 草太を疑う理由」において、対決用カットインが入って対決のタイトルが入ったところから音楽が流れ始める。
ここだけ流すタイミングを変更する意味はないように思われるため、おそらくミスであろう。

ちなみに、このズレについてはスマホアプリ版でもそのままである。