第4話はタイトルの「逆転寄席」にある通り、落語に関するネタが多く含まれる。
幾つか紹介する。
寿限無 - Wikipedia
第4話冒頭のナユタのセリフ。落語「寿限無」から。
大雑把に言えば「子供が長命になるようにとんでもなく長い名前を付けてしまった」話である。
芝浜 - Wikipedia
古典落語の演目のひとつ。
尋問「楽屋の中の出来事」中、（美風さんが師匠の遺体を見ても驚かなかった理由は‥‥）で「ボケーッとしていた」を選ぶと、美風が少しだけ「芝浜」を披露してくれる。
「寿限無」と「芝浜」、更には「時そば」まで、一晩で覚えたナユタは只者ではない（ちなみに、ある箇所でミスをすると、この裁判に備え、ソバ打ちまで行っていたことがわかる）。
時そば - Wikipedia
古典落語の演目のひとつ。
ゲーム中では「時ソバ」表記だが、一般的には「時そば」。
内容は作中で説明されたものとほぼ同じである。
なお、「まだ議論が終わっていない、美風さんに関する話‥‥！」で「時ソバについて」を選ぶと、「時ソバ（？）」が聞ける。
そば清 - Wikipedia
古典落語の演目のひとつ。
ゲーム中では「ソバ清」表記だが、一般的には「そば清」。
ゲーム中で内容の説明はなかったが、若干ホラーな話。
まんじゅうこわい - Wikipedia
第4話で時々登場する「まんじゅうこわい」発言だが、これも古典落語の演目のひとつ。
あいうえお作文 - Wikipedia
美風のココロスコープ（暴走前）でミスすると、美風が「ムジュン」であいうえお作文を作ってくれる。
「あいうえお作文」は大喜利（寄席の余興）の演目として有名。
禁酒番屋 - Wikipedia
「禁酒番屋」という古典落語の演目で、カステラの菓子折りの中身を酒の入った徳利と入れ替え、カステラだと偽ったが中身を改められて徳利が入っていることがバレてしまい、この徳利は「水カステラ」だ、と誤魔化す、というエピソードがある。
つまりゲーム中で皆が「水カステラ」と言っているものは「酒」である。
こう表現すればCERO（コンピュータエンターテインメントレーティング機構）の審査で何かしら起こるのかどうかは、管理人にはわからない。
＊追記 2016年10月のカプコンUSAブログにて、「逆転裁判6」にシナリオ執筆で参加した江口正和氏（ロックマンエグゼシリーズのシナリオ担当など）が、ローカライズ担当のジャネット・スー氏と対談しており、水カステラの件について触れている。この内容から、やはり日本語版においてはレーティング関係で「酒」という単語が出せなかったのだということが明らかになっている。
以下にて引用（Eは江口正和氏、Jはジャネット・スー氏）
※日本語訳は私によるものです
E: Yes, even Japanese players had a tough time with the mizu castella reference. Some Japanese people knew that it was related to saké, while a lot of people probably just figured it out from context.
江口正和氏：日本のプレイヤーも水カステラが何を意味するのか理解するのに苦労したようです。（「禁酒番屋」を知っているため）水カステラとお酒との関係を理解した人もいましたが、ほとんどの方は文脈から察したようですね。
J: I see. Unlike the English version where we can directly mention alcohol and still maintain a T rating, in the Japanese version of the game, you couldn’t directly mention alcohol at all, right?
ジャネット・スー氏：なるほど。お酒について直接触れてもレーティングで「T」（※アメリカのレーティング機関ESRBにおける区分「Teen」、13歳以上のこと）を維持できる英語版と違って、日本版ではお酒について直接触れることは一切できなかったんですよね？
E: Right. So we used the word mizu castella instead, but this was also fortunate since it’s a reference to another rakugo story.
江口正和氏: そうなんです。そこで、代わりに水カステラという言葉を使ったのですが、これがまた、（「禁酒番屋」という）別の落語にちなんでいて、幸いでしたね。
多重人格の旋風亭美風は、それぞれの人格に名前を持っているが、これらの名前は落語由来であることが、カプコンUSAブログにて、カプコンスタッフから公表された。
旋風亭美風は証人席で、積まれた座布団に正座して登場するが、「積まれた座布団」「落語」といえば、あの国民的長寿番組の「大喜利」コーナーである。
美風のネタが滑った後に座布団が減るのも、「大喜利」コーナーっぽさ抜群である。
なお、尋問でミスした時に、裁判長から「ザブトン‥‥は無いので、代わりにペナルティです。」と言われたり、裁判終了後にはモニ太が「ザブトン イチマイ！」と褒めたり（？）することも。
厳密には落語ではないが、ついでに紹介。
和妻 - Wikipedia
一八は扇子で紙の蝶を飛ばしているが、これは日本の奇術「和妻」のひとつ、「胡蝶の舞」または「浮連（うかれ）の蝶」と呼ばれるもの。
なお、「わかりました、わたしが至った結論。それは美風さんは‥‥」で「超能力者だった」を選ぶと、ノリ良く「こうやって念動力で蝶を浮かせているでやんす。」とボケてくれる。