探偵【その1】序盤では、ホームズが質屋に預けていたヴァイオリンを取り違えたことが判明して質屋に行くことになるが、質屋に行くことになった時点から、ホームズの話す「死にたくなる理由」「なくなった機械」「質屋の使い方」が聞けなくなる‥‥というより、この3つどれを選んでも、朝ごはんをオアズケになった龍ノ介に対してホームズが不満を言い出すようになる。
ただし、アイリスとの「話す」は可能のため、「ワガハイ」を聞くと、どんよりしたホームズを再び見ることができる。
5話最終盤にて、「ハッチの質屋」の保管庫への扉に開いた小窓が、アイリス製の「ネコトビラ製造機」にて作られたことが明らかになる。
実はこの小窓、探偵【その2】最後のアニメーションムービーの、龍ノ介が小窓を覗くシーンを良く見ると、ツマミ部分にアイリスの花のマークが付いているのである。
初回プレイの探偵【その2】の時点で、小窓と「ネコトビラ製造機」の繋がりに気がついた方は、かなりの注意力の持ち主である。
探偵【その3】では、幾つかの場所に行く必要があり、回る順序によっては多少会話が変化する。
やらなければならないことは、
1～3を行う順序は自由だが、1.で寿沙都と合流する前と後（つまり、寿沙都が居るかどうか）で、2.や3.での冒頭の会話が多少変化する。
また、1→3→2の順に行うと、「聖アントルード病院」の会話を終えた時に、ここでしか見られない寿沙都との会話が発生する。
余談だが、第3話でのモルターの「遺体解剖記録」では、「ナイフで刺され内部出血による失血死」とある。
返り血を浴びるほど外部に血が出ているはずなので、ナイフが刺さったまま内部出血により失血死、その後にメグンダルがナイフを抜いたら血が吹き出して返り血を浴びた、ということであろうか？ 管理人には医学・解剖学の知識がないので、これ以上のことはわからない。
法廷【その2】の最初の尋問「事件当夜の不法侵入②」では、グレグソンをといつめた後に、ネミーが「店主（ハッチ）が拳銃を手にしていた」と証言を付け足す。
これにはハッチが殺害され倒れている場面を写した「現場写真」をつきつけて、「ハッチは撃たれた時に銃など持っていなかった」とするのが正解である。
だが、この証言に、「銃を手にしていたのはジーナだ」と、ジーナが銃をハッチにつきつけた場面が写っている「店内記録写真《ジーナ》」をつきつけると、音楽が止まるので正解かと思いきや‥‥
バンジークスからは「被告人を不利にする証拠をつきつけるとは驚いた」と突っ込まれ、裁判長からは「その写真が本当に犯行の直前かはっきりしない」ということで、尋問へ戻されてしまう（ペナルティはなし）。
プレイヤーとしてはぬか喜びでガッカリすることになる。
第5話では「立体視」が登場し、厳密には「立体視」というよりも「立体視」を利用した間違い探しをする場面が幾つかある。
この「立体視」の話あれこれ。
なお、「立体視」で目が疲れるなど体調の異変を感じたらすぐにやめること。無理は禁物である。
立体視の詳しい解説については、インターネット等を参照していただきたい。
本作最後の「共同推理」でも、調べると面白いものや、間違った場所それぞれに違うメッセージが用意されている。
ちなみにこの共同推理では、最初の3回の選択ではどれでも「オシャレな帽子」を調べたりつきつけたりできるが、これも全てメッセージが変化する。調べた時の、龍ノ介の心境の移り変わりにご注目いただきたい。
以下、面白いネタを幾つか紹介する。
第5話の一番最後に、クログレイと、グレグソンどちらかを選んで証拠品をつきつける場面がある。
どちらにつきつけるべきか迷った方も多いと思うが、実はどちらでも構わないし、つきつける証拠品は両者とも、「自鳴琴の円盤」または「自鳴琴の小箱」である。
お互い手を組んでいたふたりなので、弱点も結局は同じだったのである。
その後の展開も同じ。
本作でも、これまでの逆転裁判シリーズ同様に、「一見ミスをしているようだが、実はこの選択肢でも先に進められる」「つきつけて良い証拠品が複数ある」というシーンは多い。
それらについては攻略にも書いてあるので、2周目プレイのお供としてご活用いただきたい。