(１)経由地が明らかに異なる別線線増
| 事業者名 | 線名 | 区間 | 営業キロ | 備考 |
| 北海道旅客鉄道 | 函館本 | 七飯〜大沼 | 13.2 | 通称は藤城線。新函館北斗(旧・渡島大野)駅などを経由しない別線線増で、下り列車のみ運行。2016/03/26の北海道新幹線開業により、特急列車は通らなくなった。「JTB時刻表」巻頭地図には通常のＪＲ線として表記 |
| 東日本旅客鉄道 | 東海道本 | 東京(地下ホーム)〜品川 | 6.8 | 通称は総武快速・横須賀線。有楽町駅などを経由しない別線線増の地下線 |
| 東武鉄道 | 伊勢崎 | 押上〜曳舟 | 1.3 | 業平橋(2012/03/17から「とうきょうスカイツリー」)〜曳舟の別線線増で、東京メトロ・半蔵門線直通列車が運行。運賃計算上も、押上駅と業平橋駅は同一駅として扱う。「JTB時刻表」巻頭地図には表記 |
| 京王電鉄 | 京王 | (新線)新宿〜笹塚 | 3.6 | 通称は京王新線。京王線(旧線)にはない初台、幡ヶ谷の２駅を経由する別線線増で、新宿駅の位置も異なる。都営新宿線直通列車などが運行。「JTB時刻表」巻頭地図には表記(「京王新線」と線名記載) |
(備考)東京地下鉄8号(有楽町線)小竹向原〜池袋(営業キロ3.2km)の複々線区間(同3.0km)について、以前は上表に掲載していたが、令和2(2020)年度版以降の『鉄道要覧』において、13号(副都心)線を構成する独立した営業線として扱われることになったため、当サイトでも、営業キロが設定された08/06/14に遡り同様の扱いとすることに変更したため、上表からは削除した。
(２)迂回・短絡する他線との直通線
| 事業者名 | 線名 | 区間 | 営業キロ | 備考 |
| 東日本旅客鉄道 | 青梅 | 立川〜西立川 | 1.9 | 中央本線との直通線。旧・南武鉄道時代は独自の営業キロあり(2.1km) |
| 近畿日本鉄道 | 橿原 | 新ノ口〜大和八木(大阪線ホーム) | 1.4 | 橿原線と大阪線の直通線で、大和八木駅は高架上の大阪線ホーム。両線を直通する特急が運行。「JTB時刻表」巻頭地図には表記 |
(備考)九州旅客鉄道の鹿児島本線と筑豊本線を短絡する陣原〜折尾(短絡線ホーム=鷹見口A・Bのりば)〜東水巻について、以前は上表に掲載していたが、2021/03/12の折尾駅高架化完成に伴い、短絡線が廃止されたため、上表からは削除した。なお、高架化完成により同日、折尾以遠(水巻方面)各駅と東水巻以遠各駅との相互間を乗車する際に認められていた「特定の分岐区間に対する区間外乗車の特例」(折尾〜陣原〜黒崎)は廃止された。
(３)新幹線と在来線の直通線
| 事業者名 | 線名 | 区間 | 営業キロ | 備考 |
| 東日本旅客鉄道 | 奥羽本 | 福島(新幹線ホーム)〜笹木野 | 3.8 | 「山形新幹線」の列車が経由。福島駅14番線と笹木野方を結ぶ単線。2021/04、11番線と接続する上り専用のアプローチ線新設工事に着手しており、26年度末完成予定 |
| 田沢湖 | 盛岡(新幹線ホーム)〜大釜 | 6.0 | 「秋田新幹線」の列車が経由。盛岡駅北方の下り本線と大釜方を結ぶ単線 |
(４)軌道で、本来は同一停留場であるものの、旅客案内上は別の名称で区別される停留場に向かう別線
| 事業者名 | 線名 | 区間 | 営業キロ | 備考 |
| 広島電鉄 | 宇品 | 紙屋町西〜本通 | 0.2 | 紙屋町停留場のホームは従来から交差点の東西にあり、本線を経由する「2号線」などは両方のホームに停車していた。2001/11/01、戸籍上は同一のままだが、旅客案内上は「紙屋町東」「紙屋町西」とそれぞれ改称。宇品線の紙屋町〜本通は２通りの経路が生じた。当欄では、「1号線」が通る紙屋町東〜本通を便宜上、メインルートとして扱い、「3号線」などが通る紙屋町西〜本通を別線とした |
| 伊予鉄道 | 城南 | 南堀端〜本町1丁目 | 0.3 | 城南線の終点である西堀端停留場は、従来から大手町線と本町線の分岐後にそれぞれのホームがあり、両線のホーム(特に本町線の北行きホーム)は位置が離れていた。2018/03/01、 本町線のみ「本町1丁目」と改称。南堀端〜西堀端、南堀端〜本町1丁目の２通りの経路が生じた。当欄では便宜上、前者をメインルートとして扱い、後者を別線とした。「JTB時刻表」巻頭地図には表記 |
| 長崎電軌軌道 | 本 | 浜町アーケード〜観光通 | 0.2 | 本線と蛍茶屋支線が分岐する西浜町(にしはまのまち)停留場のホームは交差点の南北にあり、旅客案内上は北側を「西浜町(アーケード入口)」として区別していた(両線を経由する「5号系統」は両方のホームに停車)。2018/08/01、北側が浜町アーケード(はまのまちあーけーど)停留場として分離されたが、崇福寺方面に通じる戸籍上の路線は「1号系統」が通る西浜町〜観光通のみであるため、「4号系統」が通る浜町アーケード〜観光通を別線とした |
| 鹿児島市 | 唐湊 | 中郡〜郡元(南側) | 0.5 | 唐湊線が谷山線に合流する郡元停留場のホームは交差点の南北にあり、旅客案内上は南側を「郡元(南側)」として区別している。谷山線を経由する「1系統」は両方のホームに停車する。当欄では「2系統」が通る中郡〜郡元をメインルートとして扱い、鹿児島中央駅方面と谷山方面を直通する「直通便」や出入庫便(いずれも主に早朝・夜間)が通る中郡〜郡元(南側)を別線とする |
(2022年01月02日最終更新)