原水禁組織は地方によって様々な形態がありますが、いくつかの地域原水禁組織と各労働組合･民主団体の県段階の組織、市民団体、個人などで構成される形が最も標準的です。

　そのほとんどは、かつて全国に存在した地区労もしくは社民党支部が地域原水禁組織の事務局を担当し、旧県評（現在は県労組会議、平和センターなど名称はさまざま）が県原水禁の事務局を担当しています。

　原水禁国民会議加盟団体の県組織は、たいてい県原水禁に加盟しており、その地域組織も概ね地域原水禁組織に加盟しているという形でタテ（中央団体を通じた参加）ヨコ（地域組織を通じた参加）の組織が複雑に組み合わさって構成されています。

　団体が原水禁国民会議にあらたに参加する場合はいずれかの県組織か中央団体に加入していただくことが原則です。２つ以上の県にまたがって組織がある団体は、常任執行委員会の承認を得て原水禁国民会議に加盟することができます。

　個人で原水禁に参加する場合は、各県原水禁の個人会員となることが原則です。原水禁国民会議にも規約上は個人会員が存在しますが、制度が未整備で現実には研究者や専門家など特定の人に限られているのが実状です。また、個人会員制度の存在しない県も少なくなくそのような場合は必ずしも反核･平和の意志をもつ広範な個人が参加するという実態にはないこともあります。

　現実的に一般の個人が、あらたに原水禁国民会議の正会員となることは困難であり(1)機関誌「原水禁ニュース」の購読会員、(2)機関誌と出版物の配布、情報提供を受ける賛助会員、（3）原水禁世界大会など原水禁が呼びかける実行委員会への参加、といったことに限られます。

　この他、諸般の事情から、上部組織を持たず独立して活動している地域原水禁組織も散在します。