株式会社などであれば、利益が出てちゃんと法人税を納めれば、税引後の利益は出資してくれた株主に配当金として配当することが可能です。

ところが医療法人の場合には医療法で配当が禁止されています。
（医療法５４条：剰余金の配当の禁止）

従って、配当できなかった税引後の利益となるお金は医療法人の中に貯まっていくことになります。