ストーリー

異星侵略者、復活！？ 西暦2634年12月、謎のエイリアン軍団との戦いから一年、地球は魔の手から逃れたかに思われていた。 そんなある日のこと、南米の基地跡の近くで、GX軍第7方面の軍事演習に参加していたハル将軍から不可解な無線が入った。 「我が友軍であるGX軍が突如我々に攻撃を…… 　　　　　　　　　　　　　　彼らの目は人間では……ひょっとして奴らが……。」 将軍の言葉にただならぬものを感じとった連邦軍上層部は、再びビルとランス、史上最強の“魂斗羅”たちに出撃を命じた。 2人を乗せて極秘のうちに飛び立ったヘリコプターは、基地跡近くの、演習地点にほど近い所で2人を降ろすと、すぐさま飛び立っていった。 そして、そこには無残にも破壊された連邦軍施設があった。 とその時、物陰から軍の兵士が襲いかかってきた。 「狂気に満ちた目、青く変色した皮膚、姿こそ人間だが、その魂は、もはや人間ではあるまい……。」 ビルは発砲した。 その瞬間、2人は、体内で爆裂したおぞましき生物の影を見た。 「こ、これは……」 彼らの脳裏には、一年前の悪夢が蘇った。 「あの狂気に満ちた異形の生命体は死滅していなかったのか！？」 2人は顔を見合わせるなり、走り始めていた。 死滅したかに思われていたエイリアンは、その後変態を繰り返し、今まさに最後の変貌をとげようとしていた。 極限にまで成長したエイリアンと魂斗羅たちの壮烈な戦いの火蓋が切って落とされた！

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