帳簿に計上されていない収入がないか調査されます。収入除外は、脱税として重加算税の対象になり、調査官の成績にも大きく影響するので、最も重要視されます。 一部の得意先の売上金やリベートを個人口座に入金させるケース、意図的にレジを打たずに現金売上を除外するケース、ある特定の日の現金売上を除外するケースなどがあります。

　実際にはない支払をあたかも支払ったように偽装して計上された費用がないか調査されます。これも収入除外と同様、脱税として重加算税の対象になります。
就業していない人に対する給与の支給を装うケース、市販の領収書などで架空の領収書を作り費用の支払いを装うケースなどがあります。

　計上すべき資産を正しく計上していないか調査されます。 商品等の棚卸資産を過少に計上することにより、売上原価を大きくして所得を低くするケース、未使用の備品等を貯蔵品に計上せずに費用とするケース、使用中の償却資産を除却したものとして費用とするケース、積立金とすべき保険料を費用とするケースなどがあります。

　過大な役員給与がないか、引当金の過大計上がないか、債務未確定の費用の計上がないかなどが調査されます。

　当期の売上を翌期の売上に計上していないか、翌期の費用を当期に計上していないかなどが調査されます。

　役員賞与の費用計上、給与と福利厚生費の区別誤り、交際費と隣接経費の区別誤り、消耗品等と償却資産の区別誤り、修繕費と償却資産の区別誤り、償却資産の耐用年数誤り、税額控除の適用誤り、消費税の課税・非課税区別誤り、消費税の課税方法の選択誤りなど、税法の適用を誤っていないか調査されます。