日本での記録は不明です．チョウゲンボウFalco tinnunculus interstinctusより小さく，背および翼下面の模様が違います． モルッカチョウゲンボウの背の黒色の斑は英名が示すようにスポットです．チョウゲンボウは帯状です．翼下面 はモルッカチョウゲンボウは 風切羽と雨覆の暗色の縞模様のコントラストが大きく（風切羽は明るく，雨覆は暗い），チョウゲンボウはコントラストが小さくなっています． モルッカチョウゲンボウには2亜種記録されています．亜種moluccensisの全長及び翼長はチョウゲンボウの全長より小さいのですが，本個体は極端に小さく，短いので 亜種microbaliaと判断しました．詳しくはこちらをご覧ください．