| 月日 | 摘要 | 事業者名 | 種別 | 線名 | 区間 | 営業キロ 増減 | 旅客キロ 増減 | 注 | 
| 02/01 | 再開 | 東日本旅客鉄道 | 1種 | 常磐 | 隅田川〜南千住 | (+2.5) | -- | 1998/07/01から休止中 | 
| 日本貨物鉄道 | 貨2種 | (+2.5) | -- | |||||
| 02/02 | 開業 | 神戸新交通 | 軌道 (案軌) | ポート アイランド | 市民広場〜神戸空港 | +4.4 | +4.4 | 02/16の神戸空港開港に先行。『鉄道要覧』(2006年度版)は4.3kmとしていたが、08年度版で修正されたため、開業時にさかのぼって修正した(特許取得時の市民広場〜先端医療センター前〜神戸空港の営業キロは0.81+3.53=4.34km) | 
| 03/01 | 廃止 | 西日本旅客鉄道 | 1種 | 富山港 | 富山〜岩瀬浜 | △8.0 | △8.0 | 富山〜富山口〜(奥田中学校前)1.5kmは完全廃止。(奥田中学校前)〜岩瀬浜6.5kmは富山ライトレールがLRT化して承継、06/04/29開業 | 
| 03/18 | 旅客列車 運転開始 | 日本貨物鉄道 (東日本旅客鉄道) | 2種 | 奥羽 | 新青森〜青森(信) | -- | +4.8 | 青森駅構内夜間工事実施などのため、ダイヤ改正に伴い、「カシオペア」「北斗星」が短絡線経由に変更。うち新青森〜(旧)滝内(信号所)2.8kmは奥羽本線(福島〜青森)と重複。旅客列車が新たに運転を始めるのは、実際には(旧)滝内(信号所)〜青森(信)2.0km。JR東日本は独自の営業キロなし。鉄道事業法Q&A内の「Q4 なぜJR旅客会社に旅客列車が走らない区間があるか」を参照 | 
| 名称変更 | 野岩鉄道 | 1種 | 会津 鬼怒川 | 新藤原〜会津高原尾瀬口 | -- | -- | いずれも終点駅改称(会津高原→会津高原尾瀬口) | |
| 会津鉄道 | 1種 | 会津 | 西若松〜会津高原尾瀬口 | -- | -- | |||
| 03/27 | 開業 | ゆりかもめ | 軌道 (案軌) | 東京臨海 新交通 臨海 | 有明〜豊洲 | +2.7 | +2.7 | |
| 名称変更 | 近畿日本鉄道 | 軌道 | けいはんな | 長田〜鉄軌分界点 | -- | -- | 新線開業に伴い線名改称(東大阪→けいはんな)し、統一 | |
| 1種 | 鉄軌分界点〜生駒 | -- | -- | |||||
| 開業 | 2種 | 生駒〜学研奈良登美ヶ丘 | +8.6 | +8.6 | ||||
| 奈良生駒高速鉄道 | 3種 | (+8.6) | (+8.6) | |||||
| 03/31 | 廃止 | 西濃鉄道 | 1種 | 市橋 | 猿岩〜市橋 | △0.6 | -- | 貨物線。『鉄道要覧』に記載なし | 
| 昼飯 | 美濃赤坂〜昼飯 | △1.9 | -- | |||||
| 名称変更 | 土佐電気鉄道 | 軌道 | 駅前 | はりまや橋〜高知駅前 | -- | -- | 旧・桟橋線(高知駅前〜桟橋通五丁目)→駅前線+桟橋線と線名分割し、起終点も変更。『鉄道要覧』に拠り、実施日不詳 | |
| 桟橋 | はりまや橋〜桟橋通五丁目 | -- | -- | |||||
| 04/01 | 廃止 | 日本貨物鉄道 | 1種 | 大阪環状 | 境川(信)〜浪速 | △2.3 | -- | 「貨物時刻表2006」に3月31日付と記されているのは誤り | 
| 2種 | 東海道 | 梅小路〜丹波口 | △3.3 | -- | ||||
| 貨2種 | 内子 | 新谷〜内子 | (△5.3) | -- | ||||
| 大阪環状 | 新今宮〜境川(信) | (△3.8) | -- | |||||
| 関西 | 平野〜新今宮 | (△4.9) | -- | |||||
| 山陰 | 丹波口〜二条 | (△1.7) | -- | |||||
| 東松江〜出雲市 | (△39.3) | -- | ||||||
| 江津〜岡見 | (△43.3) | -- | ||||||
| 函館 | 手稲〜苗穂 | (△12.8) | -- | |||||
| 予讃 | 伊予横田〜向井原〜内子 | (△29.0) | -- | |||||
| 伊予大洲〜宇和島 | (△48.1) | -- | ||||||
| 伊予大洲〜新谷 | (△5.9) | -- | ||||||
| 衣浦臨海鉄道 | 1種 | 碧南 | 碧南市〜権現崎 | △3.1 | -- | 貨物線 | ||
| 名称変更 | 愛知高速交通 | 軌道 (浮上) | 東部丘陵 | 藤が丘〜八草 | -- | -- | 終点駅改称(万博八草→八草)。同時に1駅改称(万博会場→愛・地球博記念公園)。愛知環状鉄道の八草駅は05/10/01改称済み | |
| 譲渡 | 南海電気鉄道 | 1種 | 貴志川 | 和歌山〜貴志 | △14.3 | △14.3 | 2005/10/01を廃止予定日としたが、公募により岡山電気軌道の新設子会社による承継が決定。新しい線名愛称は「わかやま電鉄貴志川線」 | |
| 譲受 | 和歌山電鐵 | +14.3 | +14.3 | |||||
| 新設分割 | 一畑電車 | -- | -- | -- | -- | -- | 持ち株会社化に伴い、鉄道事業は新設分割の子会社が承継(一畑電気鉄道→一畑電気鉄道+(新設分割)一畑電車) | |
| 04/21 | 廃止 | 北海道ちほく高原 鉄道 | 1種 | ふるさと 銀河 | 池田〜北見 | △140.0 | △140.0 | |
| 04/29 | 開業 | 富山ライトレール | 軌道 | 富山港 | 富山駅北〜奥田中学校前 | +1.1 | +1.1 | 奥田中学校前電停〜岩瀬浜駅は、JR西日本・富山港線を継承 | 
| 1種 | 奥田中学校前〜岩瀬浜 | +6.5 | +6.5 | |||||
| 05/01 | 廃止 | 日本貨物鉄道 | 1種 | 宇部 | 居能〜宇部港 | △2.2 | -- | |
| 貨2種 | 横須賀 | 逗子〜田浦 | (△5.4) | -- | ||||
| 改キロ | 九州旅客鉄道 | 1種 | 指宿枕崎 | 薩摩板敷〜枕崎 | △0.1 | △0.1 | 枕崎駅移設に伴い改キロ(3.5km→3.4km)。旧駅は旧・鹿児島交通の所有で、同社線廃止後もJR九州が借用していたが、商業施設建設のため、駅を手前に移した | |
| 05/14 | 改キロ | 西日本鉄道 | 1種 | 宮地岳 | 花見〜西鉄古賀 | +0.1 | +0.1 | 西鉄香椎駅付近の高架化完成に伴い、全線で改キロ(花見〜西鉄古賀 1.3km→1.4km、古賀ゴルフ場前〜西鉄新宮 2.1km→2.0km、香椎花園前〜名島 1.3km+0.5km+0.8km+0.9km→1.4km+0.6km+0.5km+1.1km。純増+0.1km) | 
| 古賀ゴルフ場前〜西鉄新宮 | △0.1 | △0.1 | ||||||
| 香椎花園前〜西鉄香椎 | +0.1 | +0.1 | ||||||
| 西鉄香椎〜香椎宮前 | +0.1 | +0.1 | ||||||
| 香椎宮前〜西鉄千早 | △0.3 | △0.3 | ||||||
| 西鉄千早〜名島 | +0.2 | +0.2 | ||||||
| 08/05 | 臨時 旅客営業 | 福島臨海鉄道 | 1種 | 福島臨海 鉄道本 | 泉〜小名浜 | -- | (+5.4) | 「いわき港祭り花火大会」に伴い、2004、05年に引き続き、旅客列車を臨時運転。観覧席券の購入者のみ乗車可能。正確な営業形態は不詳 | 
| 08/12 | 臨時運転 | 東京地下鉄 | −− | −− | 桜田門〜霞ヶ関(千代田線) | -- | -- | 東京湾大華火祭に伴い、東武・西武・小田急・東急・埼玉高速から営団の新木場への直通臨時列車のうち、「ドラゴン号」(小田急・唐木田→新木場)、「ファンタジー号」(東急・菊名<前年までは武蔵小杉>→新木場)、「レインボー号」(埼玉高速・浦和美園→新木場)がそれぞれ通過 | 
| −− | −− | 市ヶ谷(南北線)〜市ヶ谷(有楽町線) | -- | -- | ||||
| 10/01 | 廃止 | 桃花台交通 | 軌道 (案軌) | 桃花台 | 小牧〜桃花台東 | △7.4 | △7.4 | 新交通システムで初の廃止 | 
| 12/01 | 廃止 | 神岡鉄道 | 1種 | 神岡 | 猪谷〜奥飛騨温泉口 | △19.9 | △19.9 | 飛騨市長は不定期の観光鉄道として運転再開する方針を表明 | 
| 12/24 | 開業 | 大阪市 | 軌道 | 8号 (今里筋) | 井高野〜今里 | +11.9 | +11.9 | |
| 合計 | △153.5 | △135.3 | ||||||
(2019年09月01日最終更新)