ぷよぷよフィハバネロは、「ひとりでぷよぷよ」「セレクト対戦」「とことんフィーバー」の3つのゲームモードがあります。
表1は、各ゲームモード概要です。
表2は、各ゲームモードの対戦ルールです。
ゲーム概要・キーアサイン・導入方法については、第0章：はじめに（携帯ぷよぷよ）→「基本的情報（ぷよぷよフィハバネロ）」、「携帯ぷよフィハバネロ導入」を参照ください。
ルールに関しては、第1章：ルール（携帯ぷよ）以下の各ページを参照ください。
| ひとりでぷよぷよ | まんざいデモを交えながらストーリーにしたがってコンピュータ対戦を行うモードです。 難易度の異なる3つのコースがあります。 |
|
|---|---|---|
| るんるんコース | 登場するキャラクターは3。ストーリーを進むごとに、強い敵が出現します。 | |
| あつあつコース | 登場するキャラクターは8。ストーリーを進むごとに、強い敵が出現します。 | |
| ぴりぴりコース | 登場するキャラクターは8。ストーリーを進むごとに、強い敵が出現します。 | |
| セレクト対戦 | 自キャラ（アミティorラフィーナ）と対戦キャラを選択して対戦するモードです。 | |
| アミティ | アミティを自キャラとして、対戦します。相手キャラは「るんるんコース」「あつあつコース」から選択（※1）します。 | |
| ラフィーナ | ラフィーナを自キャラとして、対戦します。相手キャラは「るんるんコース」「ぴりぴりコース」から選択（※1）します。 | |
| とことんフィーバー | 次々に落ちてくる連鎖のタネをひたすら消していくモードです。連鎖のタネ毎に操作が反転する。 | |
| 辛口 | 出現色は3色です。 | |
| 大辛 | 出現色は4色です。 | |
| 激辛 | 出現色は5色です。 | |
| オプション | 「ルール説明」「サウンド」「ラインキング」の確認や設定を行います。 | |
| ルールせつめい | アコール先生による、ぷよぷよフィハバネロのルール説明。 | |
| サウンド | サウンドの「おん」「おふ」設定を行います。 | |
| しんどう | しんどうの「おん」「おふ」設定を行います。 | |
| ランキング | 「ひとりでぷよぷよ（るんるんコース）」「ひとりでぷよぷよ（わくわくコース）」「ひとりでぷよぷよ（はらはらコース）」「とことんフィーバー」の成績確認及びランキング登録ができます。 | |
| 対戦相手 対人／対COM |
対戦人数 | 勝利確定条件 | 対戦ルール | 通信 | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ひとりで ぷよぷよ |
るんるんコース | 対COM | 1対1 | 3回戦勝利 | ぷよぷよフィーバー | なし |
| わくわくコース | 8回戦勝利 | |||||
| はらはらコース | ||||||
| セレクト 対戦 |
アミティ | 対COM | 1対1 | 1勝先取 | ぷよぷよフィーバー | なし |
| ラフィーナ | ||||||
| とことん フィーバー |
辛口 | シングルプレイ | 敗北まで | とことんフィーバー | なし | |
| 大辛 | ||||||
| 激辛 | ||||||
携帯ぷよぷよフィーバーDXと比較して、携帯ぷよぷよフィーバーハバネロには「アルル」「カーバンクル」が出てきません。
キャラのバランスから考えて、隠しキャラの可能性があるのではと思います。
「カーバンクル」は、携帯ぷよフィDXから考えると「ぴりぴりコース」で条件クリアで登場の可能性が高いと思います。
アルルは微妙です。もしアルルが隠しキャラとして出現しない場合は、ぷよぷよシリーズ全作品登場の偉業が途絶えます。（正確に言えば、携帯対戦ぷよフィ・携帯対戦ぷよフィDXで既に未登場となっています。）
ただし、キャラ性能ではカーバンクル・アルルとも携帯ぷよフィハバネロで出てきます。
キャラ性能については、第2章：キャラクター（携帯ぷよ）→「キャラクター（携帯ぷよフィハバネロ）」を参照ください。
表3は、キャラ性能としてのカーバンクル・アルル出現です。
| アルル | あつあつコース：ラフィーナ ぴりぴりコース：ポポイ |
|---|---|
| カーバンクル | あつあつコース：ほほうどり ぴりぴりコース：アコール先生 |