ぷよぷよフィDXは、「ひとりでぷよぷよ」と「とことんフィーバー」の2つのゲームモードがあります。
表1は、各ゲームモード概要です。
表2は、各ゲームモードの対戦ルールです。
ゲーム概要・キーアサイン・導入方法については、第0章：はじめに（携帯ぷよぷよ）→「基本的情報（ぷよぷよフィDX）」、「携帯ぷよフィDX導入」を参照ください。
ルールに関しては、第1章：ルール（携帯ぷよ）以下の各ページを参照ください。
| ひとりでぷよぷよ | まんざいデモを交えながらストーリーにしたがってコンピュータ対戦を行うモードです。 難易度の異なる3つのコースがあります。 |
|
|---|---|---|
| るんるんコース | 登場するキャラクターは3。ストーリーを進むごとに、強い敵が出現します。 | |
| わくわくコース | 登場するキャラクターは8。ストーリーを進むごとに、強い敵が出現します。 | |
| はらはらコース | 登場するキャラクターは8（※1）。ストーリーを進むごとに、強い敵が出現します。 | |
| とことんフィーバー | 次々に落ちてくる連鎖のタネをひたすら消していくモードです。 | |
| 甘口 | 出現色は3色です。 | |
| 中辛 | 出現色は4色です。 | |
| 辛口 | 出現色は5色です。 | |
| オプション | 「ルールせつめい」「サウンド」「ラインキング」の確認や設定を行います。 | |
| ルールせつめい | アコール先生による、ぷよぷよフィDXのルール説明。 | |
| サウンド | サウンドの「おん」「おふ」設定を行います。 | |
| ランキング | 「ひとりでぷよぷよ（るんるんコース）」「ひとりでぷよぷよ（わくわくコース）」「ひとりでぷよぷよ（はらはらコース）」「とことんフィーバー」の成績確認及びランキング登録ができます。 | |
| 対戦相手 対人／対COM |
対戦人数 | 勝利確定条件 | 対戦ルール | 通信 | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ひとりで ぷよぷよ |
るんるんコース | 対COM | 1対1 | 3回戦勝利 | ぷよぷよフィーバー | なし |
| わくわくコース | 8回戦勝利 | |||||
| はらはらコース | ||||||
| とことん フィーバー |
甘口 | シングルプレイ | 敗北まで | とことんフィーバー | なし | |
| 中辛 | ||||||
| 辛口 | ||||||
「ひとりでぷよぷよ」の「はらはらコース」の最後の対戦キャラは、条件により変化します。通常は、「ポポイ」ですが条件により「カーバンクル」が登場します。
表3は、カーバンクル出現条件です。
| はらはらコースで、7回戦終了時点で、以下のどちらかの条件を満たしている。 ・ノーコンティニューかつフィーバーに突入した回数が4回以下もしくは12回以上 ・コンティニュー回数が7の倍数である（0を除く） |