ぷよぷよDXは、4つのゲームモードがあります。
「ひとりでぷよぷよ」「とことんぷよぷよ」「ふたりでぷよぷよ」「ぷよぷよタスクモード」の4つのモードで、携帯で遊べる「ぷよぷよ」ではもっともゲームモードが多彩な作品といえます。
表1は、各ゲームモード概要です。
表2は、各ゲームモードの対戦ルールです。
ゲーム概要・キーアサイン・導入方法については、第0章：はじめに（携帯ぷよぷよ）→「基本的情報（ぷよぷよDX）」、「携帯ぷよDX導入」を参照ください。
ルールに関しては、第1章：ルール（携帯ぷよ）以下の各ページを参照ください。
| ひとりでぷよぷよ | まんざいデモ（簡略版）を交えながらストーリーにしたがってコンピュータ対戦を行うモードです。 登場するキャラクターは10人。ステージが進むごとに、強い敵が出現します。 |
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|---|---|---|
| とことんぷよぷよ | ひたすらぷよを消していくモードです。レベルが上がるに従い落下速度が上がります。 | |
| LV.01 | 出現色は3色です。 | |
| LV.05 | 出現色は4色です。 | |
| LV.10 | 出現色は5色です。 | |
| ふたりでぷよぷよ | 1台の携帯電話を2人で操作しながら対戦するモードです。 ぷよぷよDX「ふたりでぷよぷよ」のみがこのような遊び方が可能です。 |
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| たて | 自フィールド・相手フィールドが縦で、並んで対戦します。 | |
| よこ | 自フィールド・相手フィールドが横向かい合せで、向かい合わせで対戦します。 | |
| ぷよぷよタスクモード | 次々に出題される課題（タスク）をクリアしていくチャレンジモードです。 ゲームが始まると、右上に課題が表示されます。 制限時間は課題をクリアすることで延長されていき、0になるまでに何問の課題をクリアできるかを競います。 |
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| おぷしょん | 「るーる説明（Web）」「さうんど」「らんきんぐ」の確認や設定を行います。 | |
| るーる説明 （Web） |
ぷよぷよDXのルール説明のページを呼び出します。 | |
| さうんど | サウンドのON/OFF設定を行います。 | |
| らんきんぐ | 「ひとりでぷよぷよ」「とことんぷよぷよ」「ぷよぷよタスクモード」の成績確認ができます。 | |
| 対戦相手 対人／対COM |
対戦人数 | 勝利確定条件 | 対戦ルール | 通信 | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ひとりでぷよぷよ | 対COM | 1対1 | 10回戦勝利 | ぷよ通ベース | なし | |
| とことん ぷよぷよ |
LV.01 | シングルプレイ | 敗北まで | とことんぷよぷよ | なし | |
| LV.05 | ||||||
| LV.10 | ||||||
| ふたりで ぷよぷよ |
たて | 対人 | 1対1 | 1勝 | ぷよ通ベース | なし |
| よこ | ||||||
| ぷよぷよタスクモード | シングルプレイ | 敗北まで | なぞぷよベース | なし | ||