「ぷよぷよ！」は過去のシリーズと比べ多彩な対戦ルールで楽しむことができます。
15周年記念と銘打っているだけあって今までの「ぷよぷよ」「ぷよぷよ通」「ぷよぷよフィーバー」を含め12種類の対戦ルールでの対戦が可能です。
なお、対戦ルールの差分については第1章：ルール（ぷよ！）→「ルール（DS版ぷよ！）」を参照ください。
表1は、各対戦ルールの概要です。取扱説明書のゲーム紹介を引用。
表2は、各モードで使用する対戦ルールです。
表3は、ルールエディット項目の説明です。
表4は、対戦ルール別のルールエディット項目です。
| ぷよぷよ | 初代「ぷよぷよ」でぷよ勝負！ ぷよを消して対戦相手におじゃまぷよをふらせる、シンプルなゲームです。予告おじゃまぷよを消す相殺ルールがないので、できるだけすばやく多くのおじゃまぷよを送ることがポイントです。 |
|---|---|
| ぷよぷよ通 | 「ぷよぷよ通」でぷよ勝負！ 「ぷよぷよ」に相殺ルールが追加されたゲームです。予告おじゃまぷよを相殺しておじゃまぷよがふってくるのを阻止しよう。 |
| ぷよぷよフィーバー | フィーバーモードありのぷよ勝負！ 予告おじゃまぷよを相殺し、フィーバーゲージをためましょう。フィーバーゲージが満タンになるとフィーバーモードに突入します。また、相手におじゃまぷよを送ることで、最大30秒までフィーバータイムを増やすことができます。 |
| はっくつ | 星をほり出すぷよ勝負！ 星の上かとなりでぷよを消し、相手に大量のおじゃまぷよを送るゲームです（星を消すと予告おじゃまぷよに彗星ぷよが出現します）。いかに相手よりも早く星を掘り出すかがポイントになります。相殺ルールはありますが、フィーバーモードはありません。 |
| ばくだん | ばくだんを投げあうぷよ勝負！ 通常のおじゃまぷよのかわりに、ばくだんを送るゲームです。相殺ルールはありますが、フィーバーモードはありません。 ①ばくだん投下 ぷよを消すと、おじゃまぷよのかわりにばくだんを相手に送ります。 ②カウントダウン開始 ばくだんは、落下するとカウントダウンを開始します。ばくだんのカウントが0になる前に、周囲のぷよと一緒に消しましょう。 ③爆発でかたぷよに！ ばくだんの消去に失敗すると爆発し、ばくだんの周囲のぷよがかたぷよになります。かたぷよを消すには、周囲のぷよを2回消す必要があります。 |
| だいかいてん | 回転フィールドでぷよ勝負！ フィールド上部のタイムが0になると、フィールドが180°回転するゲームです。相殺ルールはありますが、フィーバーモードはありません。 ①カウントダウン開始 ゲームが始まるとカウントダウンを開始します。回転までの時間は10秒（初期設定）です。 ②フィールド回転 タイムが0になると、フィールドが180°回転します。 ③回転連鎖を狙おう 回転してぷよを消すと回転連鎖となり、よりたくさんのおじゃまぷよを送ることができます。 |
| サーチライト | くらやみフィールドでぷよ勝負！ くらやみの中、ライトを頼りにぷよを消す、相殺ルール、フィーバーモードありのゲームです。 ライトを頼りにぷよを移動！！ 積んであるぷよの配置を記憶しながら、組ぷよを移動させましょう。 勝負の決め手はフィーバーモード フィーバーモードに突入すると、フィールドが明るくなります。大連鎖を狙っていきましょう。 |
| ずっとフィーバー | ずっとフィーバーでぷよ勝負！ 「ぷよぷよフィーバー」のフィーバーモードだけでぷよ勝負をするゲームです。連鎖のタネをひたすら消して、大連鎖を目指しましょう。 |
| すいちゅう | 水中フィールドでぷよ勝負！ 水面に浮き上がるぷよを消すゲームです。ぷよが消えると周辺のぷよが浮き上がっていき、これを利用して連鎖を狙うことが可能です。相殺ルールはありますが、フィーバーモードはありません。 |
| こおりづけ | こおりづけのぷよでぷよ勝負！ おじゃまぷよのかわりに、こおりづけのぷよがふってくるゲームです。相殺ルールはありますが、フィーバーモードはありません。こおりづけのぷよは、一定ターン経過するか、上かとなりでぷよを消すとこおりがとけます。 こおりづけのこおりが一気に溶けると大連鎖に！！ ふってきたこおりづけのぷよが多くても、こおりが溶ければ大連鎖につながることがあります。 |
| なぞぷよ | 「なぞぷよ」はや解きぷよ勝負！ 次々に出される問題を、相手よりも早く解いてノルマをクリアするゲームです。ノルマが残り1問になるとリーチと表示されます。ぷよを消してもおじゃまぷよを送れません。 |
| でかぷよ | でっかいぷよでぷよ勝負！ 通常のぷよよりも大きなぷよがふってくるゲームです。ぷよは、3コ（初期設定）くっつけると消すことができます。 |
| 「ぷよぷよ」 | 「ぷよぷよ通」 「ぷよぷよ フィーバー」 |
残り9つの 対戦ルール （※1） |
対戦相手 対人／対COM |
|||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ひとりで ぷよぷよ |
ストーリー | ストーリールーレットで選択 | 対COM | |||
| とことん | とことん たいせん |
選択 | － | |||
| フリーたいせん | ふたりで ぷよぷよ |
選択 | ||||
| みんなで ぷよぷよ |
選択 | |||||
| もっとみんなで ぷよぷよ |
選択 | － | ||||
| みんなで ぷよぷよ |
ぼしゅう | ふたりで ぷよぷよ |
選択 | 対人 （＋対COM） |
||
| みんなで ぷよぷよ |
選択 | |||||
| もっとみんなで ぷよぷよ |
選択 | － | ||||
| さんか | 「ぼしゅう」条件による | |||||
| Wi-Fi | Wi-Fiぷよぷよ | だれかと ぷよぷよ |
－ | 選択 | － | 対人 |
| ともだち募集 | 選択 | － | ||||
| ともだち参加 | 「ともだち募集」条件による | － | ||||
| エディット項目 | 項目説明 | |
|---|---|---|
| 項目A | マージンタイム | おじゃまぷよレートを変化させる時間であるマージンタイムを設定します。 試合時間がマージンタイムを過ぎると、おじゃまぷよレートは小さくなり、それによって少ない連鎖でも多くのおじゃまぷよが降ることになります。 「なし」に設定するとマージンタイムは設定されず、おじゃまぷよレートは変化しません。 マージンタイムについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ算補足（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 項目B | 連鎖しばり | 攻撃として有効となる最低連鎖数を設定します。 設定した数未満の連鎖は攻撃として無効で、相殺もできません。 ただし、連鎖しばり以上の連鎖数に達した際のおじゃまぷよは、それまでの得点分（※1）も含めて発生します。 得点計算については、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ（DS版ぷよ！）」および第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ算補足（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 項目C | おじゃまぷよレート | 得点に対しておじゃまぷよの発生個数を決定するおじゃまぷよレートを設定します。 ただし、このおじゃまぷよレートはマージンタイムまでのものです。 マージンタイムを過ぎた後は第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ算補足（DS版ぷよ！）」を参照してください。 |
| 項目D | ぷよを消せる個数 | 何個の色ぷよが集めたら消せるかを設定します。 ぷよを消せる個数未満では連鎖は発生しません。 個数変更によって連結ボーナスは変更しません。2個・3個は4個と同様、連結ボーナスは0点です。 連結ボーナスについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ算補足（DS版ぷよ！）」を参照してください。 |
| 項目E | おじゃまぷよの硬さ | おじゃまぷよ種類を設定します。 選択できるのは「おじゃまぷよ」と「おじゃまぷよ（固ぷよ）」となります。 おじゃまぷよについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 項目F | フィーバーカウント | 通常モードとフィーバーモードの両方が存在する対戦ルールで、相殺時にフィーバーゲージにたまるフィーバーカウントの個数を設定します。 フィーバーカウント・フィーバーゲージについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「フィーバー（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 項目G | フィーバー補正 | 通常モードとフィーバーモードの両方が存在する対戦ルールで、フィーバー時の連鎖倍率を補正します。 「100」で連鎖ボーナスがない状態で、「10」なら10％（0.1倍）、「200」なら200％（2倍）の連鎖ボーナスとなります。「0」に設定すると、連鎖ボーナスが1に固定されます。 フィーバーについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「フィーバー（DS版ぷよ！）」を参照ください。おじゃまぷよ算については、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ算補足（DS版ぷよ！）」を参照してください。 |
| 項目H | ばくだんのカウント | 「ばくだん」でおじゃまぷよ（ばくだん）が爆発するカウント数を設定します。 おじゃまぷよ（ばくだん）のカウントダウンについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 設定I | 回転までの秒数 | 「だいかいてん」でだいかいてんが起こるまでのカウント数（秒数）を設定します。 ただし、実際にだいかいてんが起きるのは、カウントダウンが「00」となって、両フィールドで組ぷよ設置・連鎖中のぷよの消去完了後になります。 だいかいてんについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「フィールド（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 設定J | とけるターン数 | 「こおりづけ」でおじゃまぷよ（こおりづけ）から色ぷよが出てくる氷解までのターン数を設定します。 氷解までのターンについては、第1章：ルール（ぷよ！）→「おじゃまぷよ（DS版ぷよ！）」を参照ください。 |
| 項目K | BGMの変更 | BGMの種類を設定します。 選択できるBGMは「おぷしょん」→「かんしょう」の「おんがく」で確認でき、「No.1」～「No.23」が選択できます。 |
| 項目A | 項目B | 項目C | 項目D | 項目E | 項目F | 項目G | 項目H | 項目I | 項目J | 項目K | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ぷよぷよ | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | |||||
| ぷよぷよ通 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | |||||
| ぷよぷよフィーバー | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | |||||
| はっくつ | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | |||||||
| ばくだん | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | ||||||
| だいかいてん | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | ||||||
| サーチライト | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | |||||
| ずっとフィーバー | 対象 | 対象 | 対象 | ||||||||
| すいちゅう | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | ||||||
| こおりづけ | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | ||||||
| なぞぷよ | 対象 | ||||||||||
| でかぷよ | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 | 対象 |
廉価版の変更点として、項目K（BGMの変更）が電源OFFでも保持されるようになりました。
また、Wi-Fiでも「ぷよぷよ」「ぷよぷよ通」「ぷよぷよフィーバー」のBGMが反映されるようになりました。