「ひとりでぷよぷよ」の「るんるんコース」「あつあつコース」「ぴりぴりコース」では利用キャラ（自キャラ）、対戦キャラが異なります。
また、各コースのエンディングまでの対戦回数なども異なります。
表1は、各キャラ毎の対戦キャラです。
| 利用キャラ | 対戦キャラ | ||
|---|---|---|---|
| るんるんコース | 1回戦 | アミティ | リデル（おしゃれコウベ） |
| 2回戦 | タルタル（クルーク） | ||
| 3回戦 | アコール先生（どんぐりガエル） | ||
| あつあつコース | 1回戦 | アミティ | ユウちゃん（おしゃれコウベ） |
| 2回戦 | さかな王子（おにおん） | ||
| 3回戦 | おしゃれコウベ（ほほうどり） | ||
| 4回戦 | おにおん（ユウちゃん） | ||
| 5回戦 | こづれフランケン（ラフィーナ） | ||
| 6回戦 | ほほうどり（カーバンクル） | ||
| 7回戦 | どんぐりガエル（アコール先生） | ||
| 8回戦 | ラフィーナ（アルル） | ||
| ぴりぴりコース | 1回戦 | ラフィーナ | どんぐりガエル（アコール先生） |
| 2回戦 | ほほうどり（おしゃれコウベ） | ||
| 3回戦 | こづれフランケン（おにおん） | ||
| 4回戦 | タルタル（ほほうどり） | ||
| 5回戦 | クルーク（ユウちゃん） | ||
| 6回戦 | リデル（ラフィーナ） | ||
| 7回戦 | アコール先生（カーバンクル） | ||
| 8回戦 | ポポイ（アルル） | ||
表2のかっこ内については、キャラ性能のキャラ名です。
コース・対戦キャラによって、自フィールド・相手フィールドに落下するぷよの出現色数が異なります。
また、操作も通常操作・鏡面操作と異なります。
表2は、るんるんコースの出現色数です。
表3は、あつあつコースの出現色数・操作種別です。
表4は、ぴりぴりコースの出現色数・操作種別です。
| 1回戦 | 2回戦 | 3回戦 | ||
|---|---|---|---|---|
| るんるんコース | 利用キャラ | 3色 | 4色 | |
| 対戦キャラ | 4色 | 3色 | 4色 | |
| 1回戦 | 2回戦 | 3回戦 | 4回戦 | 5回戦 | 6回戦 | 7回戦 | 8回戦 | ||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| あつあつコース | 利用キャラ | 4色 | 5色 | 3色 | 4色 | 5色 | |||
| 対戦キャラ | 4色 | ||||||||
| 1回戦 | 2回戦 | 3回戦 | 4回戦 | 5回戦 | 6回戦 | 7回戦 | 8回戦 | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ぴりぴりコース | 利用キャラ | 4色 | 5色 | 3色 | 4色 | 5色 | 5色 | |||||||
| 対戦キャラ | 4色 | 5色 | 4色 | 5色 | ||||||||||
表3・表4で、黄色は鏡面操作となります。
るんるんコースは、ゲーム専用機と同じです。
あつあつコース・ぴりぴりコースの色数や操作については、ゲーム専用機とは異なります。
条件的に、一番シビアなのがぴりぴりコース7回戦のアコール先生です。
色数のハンディ・鏡面操作・キャラ性能がカーバンクル・連鎖のタネのハンディ・得点補正など全ての面で不利となっています。