スタート時以外でフィールドにぷよが1つもない状態にすることを全消しといいます。対戦ルールによっては攻撃力増強につながる特典がつきます。
表1は、対戦ルール別の全消しによって発生する効果です。
図1は、フィーバー中の全消し後の連鎖のタネ落下です。
図2は、フィーバー中の全消しでなかった後の連鎖のタネ落下です。
| ぷよDX（ひとりでぷよ） ぷよDX（ふたりでぷよ） |
3,600点分（岩ぷよ1つ分）の得点が加わり、次回連鎖時におじゃまぷよとして追加される。 |
|---|---|
| ぷよDX（とことんぷよ） ぷよDX（ぷよタスクモード） |
3,600点分の得点が追加される。 |
| ぷよ通（ひとりでぷよ） | 800点分の得点が加わり、次回連鎖時におじゃまぷよとして追加される。 |
| ぷよSUN（ひとりでぷよ） | 全消しを行ったときの連鎖数分（※1）の太陽ぷよが直後に降ってくる。 |
| ぷよ〜ん（ひとりでぷよ） | 全消し表示のみ。 |
| ぷよ〜ん（とことんぷよ） | 10,000点分の得点が追加される。 |
| ぷよフィDX（るんるんコース） ぷよフィDX（わくわくコース） ぷよフィDX（はらはらコース） ぷよフィXマス（るんるんコース） ぷよフィXマス（わくわくコース） ぷよフィハバネロ（るんるんコース） ぷよフィハバネロ（あつあつコース） ぷよフィハバネロ（ぴりぴりコース） ぷよフィハバネロ（セレクト対戦） 対戦ぷよフィ（フリー対戦） 対戦ぷよフィ（友達対戦） |
通常モード：4連鎖の連鎖のタネが降ってくる。フィーバータイム＋5秒。 フィーバー突入：連鎖のタネ2連鎖追加でスタート。フィーバータイム＋5秒。 フィーバーモード：連鎖のタネ2連鎖追加。フィーバータイム＋3秒。 フィーバー終了：次回フィーバー時に連鎖のタネ2連鎖追加でスタート。フィーバータイムの追加なし。 |
| ぷよフィDX（とことんフィーバー） ぷよフィXマス（とことんフィーバー） ぷよフィハバネロ（とことんフィーバー） |
連鎖のタネ2連鎖追加。 フィーバータイム＋3秒。 |
| なぞぷよ（QUEST MODE） なぞぷよ2（なぞぷよモード） なぞぷよ2（えでぃっとモード） |
効果なし。 |
フィーバータイムについては、第1章：ルール（携帯ぷよ）→「フィーバー（携帯ぷよ）」を参照ください。
連鎖のタネについては、第1章：ルール（携帯ぷよ）→「連鎖のタネ（携帯ぷよ）」を参照ください。
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図1の1で5連鎖のタネを5連鎖全消しで発火しています。図1の2で全消しとなり、図1の3で8連鎖のタネが降ってきました。5＋1（通常タネ増）＋2（全消しタネ増）＝8です。
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図2は、図1でわざと全消しさせなかった場合です。
図2の1で5連鎖を発火します。図2の2のように全消しとなりませんでした。図2の3で6連鎖のタネが降ってきました。5＋1（通常タネ増）＝6です。