連鎖ボーナス

連鎖ボーナスは、おじゃまぷよ算の得点のメインで、連鎖数が増えるほど大きくなります。
連鎖数に対する点数は、作品・対戦ルール・キャラ・通常モード/フィーバーモードによって異なります。
なお、キャラ差が現れるのは、ぷよぷよフィーバーDX・ぷよぷよフィーバーハバネロです。

表1は、作品別の連鎖ボーナス分類です。
表2は、ぷよぷよDX・ぷよぷよSUNの連鎖ボーナス表です。
表3は、ぷよぷよ通の連鎖ボーナス表です。
表4は、ぷよぷよ〜んの連鎖ボーナス表です。
表5は、ぷよぷよフィーバーDX・ぷよぷよフィーバーXマス・ぷよぷよフィーバーハバネロ・対戦ぷよぷよフィーバー（予想）における通常時の連鎖ボーナス表です。
表6は、ぷよぷよフィーバーDX・ぷよぷよフィーバーXマス・ぷよぷよフィーバーハバネロ・対戦ぷよぷよフィーバー（予想）におけるフィーバー時の連鎖ボーナス表です。

不思議なことに、携帯ぷよ通の連鎖ボーナスは、ゲーム専用機の「ぷよぷよ」ライクとなっています。しかも9連鎖目だけが999以上あるのも異色です。
何故ゲーム専用機の「ぷよぷよ通」と同じにしなかったは不明です。
連鎖ボーナスが「ぷよぷよ」の上、後述するおじゃまぷよレートが「40」のため連鎖数が少なくても攻撃力が大きなものとなっています。

対戦ぷよぷよフィーバーに関しては、得点表示がないので推定です。

連結ボーナス

連結ボーナスは、消えた色ぷよの集まりの個数で与えられる点数です。5個以上の集まりが消えた場合に与えられます。
ぷよぷよ〜ん以外は、同時消しの場合は、それぞれに点数が与えられます。
ぷよぷよ〜んに関しては、同時消しの有無は無関係で消えたぷよの数となります。また、ぷよぷよ〜んは、連結ボーナスに対象が色ぷよだけではなくおじゃまぷよも対象となります。

表7は、対戦ルール別の連結ボーナス分類です。
表8は、ぷよぷよ〜ん以外の連結ボーナス表です。
表9は、ぷよぷよ〜んの連結ボーナス表です。
図1は、連結ボーナス計算のための連鎖例です。

先ほども説明しましたが、ぷよぷよ〜んの個数は色ぷよだけではなく、おじゃまぷよも含んでの個数となります。

図1で、○□△は消えるぷよを示しています。

【ぷよDX・ぷよSUN・ぷよフィハバネロタイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは2点（6個）、真ん中の黄色は1点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

【ぷよ通タイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは3点（6個）、真ん中の黄色は2点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

【ぷよフィDX・Xマス・対戦ぷよフィタイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは4点（6個）、真ん中の黄色は2点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

【ぷよ〜んタイプ】
2連鎖目で3,740点（青・黄・赤・おじゃまぷよ計21個）です。

複色ボーナス

複色ボーナスは、同時消しの色数に与えられる点数です。2色以上の集まりが消えた場合に与えられます。
同時消しとして計算されるのは、箇所数ではなく色数です。
2箇所同時消しであっても、1色の場合は0となります。
なお、ぷよぷよ〜んのみ複色ボーナスはありません。

表10は、対戦ルール別の複色ボーナス分類です。
表11は、複色ボーナス表です。
図2・図3は、複色ボーナス計算のための連鎖例です。

図2・図3で、○□△は消えるぷよを示しています。

【図2：ぷよDX・ぷよSUN・フィーバー系タイプ】
2連鎖目は、4点（3色：黄青赤）です。

【図2：ぷよ通タイプ】
2連鎖目は、6点（3色：黄青赤）です。

【図3：ぷよDX・ぷよSUN・フィーバー系タイプ】
2連鎖目は、2点（2色：黄青）です。

【図3：ぷよ通タイプ】
2連鎖目は、3点（2色：黄青）です。

落下ボーナス

落下ボーナスは、組ぷよの高速落下に与えられる点数です。
軸ぷよ1段あたりに得点が与えられます。
この落下ボーナスは得点には組み込まれますが、おじゃまぷよ算の対象にはなりません。「ぷよぷよ！」では対象となるため大連鎖作成途中の単発消しでおじゃまぷよ数個がつぼにはまることがおきますが、携帯アプリの各作品ではそのようなことはありません。
表12は、対戦ルール別の落下ボーナスです。

ぷよぷよフィーバーハバネロのみ最上段からフィールド底までの落下が13点あります。もしかしたら14段目→13段目も高速落下の対象となっている可能性があります。
【余談】
このことはぷよぷよフィーバーハバネロのみが組ぷよ発生が14段目・15段目で行われている可能性を示し、15段目のまわしスペースの可能性を示します。
ただし、13段目消去のため確認する方法がありません。

全消しボーナス

全消しボーナスは、全消しを行った際に与えられる効果・点数です。
全消しについての詳細は、第1章：ルール（携帯ぷよ）→「全消し（携帯ぷよ）」を参照ください。

表13は、対戦ルール別の全消しボーナス分類です。

おじゃまぷよ算に組み込まれるのは、「ぷよDX（ひとりでぷよ）」「ぷよDX（ふたりでぷよ）」「ぷよ通（ひとりでぷよ）」で、おじゃまぷよ算へ全消しボーナスとして計算されるのは、全消しを行った次の連鎖時となります。
よって、全消しを行った連鎖そのものの攻撃力は変化せず、次回の連鎖（ぷよ消去）時の攻撃力が大きくなります。

マージンタイム後のおじゃまぷよレートの修正は考慮されていないので、岩ぷよ1つ分以上の攻撃力が発生することもあります。
このことからも、マージンタイムは「得点」ではなく「おじゃまぷよレート」を修正していることが分かります。

おじゃまぷよレート

おじゃまぷよレートは、連鎖の得点を何個のおじゃまぷよに変えるかを決めるパラメータです。
対戦ルールによりおじゃまぷよレートは異なり、同じ連鎖数（＝得点）でもおじゃまぷよの発生個数は違ってきます。

表14は、対戦ルール別のおじゃまぷよレートです。

マージンタイム

マージンタイムは、おじゃまぷよレートを変化させる時間です。
試合時間がマージンタイムを過ぎると、おじゃまぷよレートは小さくなり、そのため少ない連鎖でも多くのおじゃまぷよが降ることになります。

表15は、対戦ルール別のマージンタイム分類です。
表16は、マージンタイムの規則です。

とことん補正

とことん補正は、とことんモードのレベルによる得点の補正値です。
とことんは、対戦ではなくおじゃまぷよはないので、得点が増えたからといって攻撃力が増すわけではありませんが、スコアチャレンジには関係してきます。

とことんモードでのレベル分得点が増大（レベルが5なら5倍、10なら10倍）します。
基本ボーナス値（連鎖ボーナス・連結ボーナス・複色ボーナス）が対象となります。
1連鎖毎ではなく連鎖開始時の補正が連鎖終了まで有効となります。よって、連鎖の途中でレベルが上がっても次の連鎖からその値が適用されます。

表17は、戦ルール別のとことん補正分類です。
表18は、とことん補正です。

太陽ぷよ

太陽ぷよの消去により、送り込むおじゃまぷよの量が増えます。
おじゃまぷよ算の得点計算上は、太陽ぷよの消去は無視されますが、送り込むおじゃまぷよの個数は増加します。
太陽ぷよを消すときの連鎖数により送り込めるおじゃまぷよの個数は変化します。

表19は、太陽ぷよ消去によるおじゃまぷよ個数です。

表19は、太陽ぷよ1個あたりのおじゃまぷよの追加個数です。
3連鎖目で1個、4連鎖目で2個の太陽ぷよが消えたとすると、12＋18×2＝48個のおじゃまぷよが連鎖で発生するおじゃまぷよに追加されます。
4連鎖が全て4個消しとすると、連鎖で発生するおじゃまぷよが26個なので、合計26＋48＝74個のおじゃまぷよを送ることができます。

得点計算表示

連鎖で、色ぷよが消えるたびに発生する得点が表示されます。
携帯ぷよぷよ通の場合は、「Ａ×Ｂ」の形式で表示され、Ａは消去ぷよ数×10で、Ｂは【基本ボーナス値】です。
携帯ぷよぷよ〜ん（とことんぷよぷよ）の場合は、各消去ごとに発生する得点が表示されます。

表20は、対戦ルール別の得点計算表示の有無です。

おじゃまぷよ算の計算例

図4は、計算対象の連鎖です。
表21は、前提条件です。
表22・表23・表24は、おじゃまぷよ算です。

図4の左図は単純な5連鎖。図4の中央図は2連鎖トリプル。図4の右図は4連鎖目ダブルの5連鎖トリプルです。

1連鎖目の「＋2」は連結ボーナス（5個）です。

1連鎖目の「＋6」は連結ボーナス（10個）です。
2連鎖目の「2×5」は連結ボーナス（6個が5組）、「＋4」は複色ボーナス（3色）です。
得点の3,600は、今回発生する全消しボーナスの得点。これがおじゃまぷよ算に組み込まれるのは次回連鎖発生時で、今回の連鎖には組み込まれません。
おじゃまぷよ個数の3,600は、前回の全消しボーナスの組み込み分です。

4連鎖目の「＋36」は連結ボーナス（8ぷよ）です。
5連鎖目の「＋104」は連結ボーナス（12ぷよ）です。
ぷよぷよ〜んでは、複色ボーナスではなく、連結ボーナスとなります。