スタート時以外でフィールドにぷよが1つもない状態にすることを全消しといいます。対戦ルールによっては攻撃力増強につながる特典がつきます。
表1は、対戦ルール別の全消しによって発生する効果です。
図1は、フィーバー中の全消し後の連鎖のタネ落下です。
図2は、フィーバー中の全消しでなかった後の連鎖のタネ落下です。
| フィーバー（とことんぷよぷよ） | 連鎖のタネ2連鎖追加。 フィーバータイム＋3秒。 |
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| クラシックルール（ふたりでぷよぷよ） | 岩ぷよ1つ分の得点（※1）が、次回連鎖終了時に加わる。 |
| るんるんコース（ひとりでぷよぷよ） わくわくコース（ひとりでぷよぷよ） はらはらコース（ひとりでぷよぷよ） フリー対戦（ひとりでぷよぷよ） ふつうのルール（ふたりでぷよぷよ） トラップルール（ふたりでぷよぷよ） エディットルール（ふたりでぷよぷよ） |
通常モード：4連鎖の連鎖のタネが降ってくる。フィーバータイム＋5秒。 フィーバー突入：連鎖のタネ2連鎖追加でスタート。フィーバータイム＋5秒。 フィーバーモード：連鎖のタネ2連鎖追加。フィーバータイム＋5秒。 フィーバー終了：次回フィーバー時に連鎖のタネ2連鎖追加でスタート。フィーバータイムの追加なし。 |
| タスク（とことんぷよぷよ） オリジナル（とことんぷよぷよ） |
4連鎖の連鎖のタネが降ってくる。 |
表1を総括すると、「クラシックルールでは次連鎖岩ぷよ1個追加」「通常モードは4連鎖のタネ」「フィーバーモードは2連鎖追加」「フィーバータイムは、とことん系＋3秒・対戦系＋5秒」となります。
フィーバータイムについては、第1章：ルール（ぷよフィ）→「フィーバー（Winぷよフィ）」を参照ください。
連鎖のタネについては、第1章：ルール（ぷよフィ）→「連鎖のタネ（Winぷよフィ）」を参照ください。
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図1の1で5連鎖のタネを6連鎖全消しで発火しています。図1の2で全消しとなり、図1の3で9連鎖のタネが降ってきました。6＋1（通常タネ増）＋2（全消しタネ増）＝9です。
対戦ルールは、「フリー対戦」です。
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図2は、図1でわざと全消しさせなかった場合です。
図2の1で6連鎖を発火します。図2の2のように全消しとなりませんでした。図2の3で7連鎖のタネが降ってきました。6＋1（通常タネ増）＝7です。
対戦ルールは、「フリー対戦」です。