連鎖ボーナス

連鎖ボーナスは、おじゃまぷよ算の得点のメインで、連鎖数が増えるほど大きくなります。
連鎖数に対する点数は、対戦ルール・キャラ・通常モード/フィーバーモードによって異なります。
なお、クラシックルール（ふたりでぷよぷよ）では、キャラ差がありません。

表1は、対戦ルール別の連鎖ボーナス分類です。
表2は、クラシックタイプの連鎖ボーナス表です。
表3は、シングルプレイのフィーバータイプ（通常時）の連鎖ボーナス表です。
表4は、シングルプレイのフィーバータイプ（フィーバー時）の連鎖ボーナス表です。
表5は、マルチプレイのフィーバータイプ（通常時）の連鎖ボーナス表です。
表6は、マルチプレイのフィーバータイプ（フィーバー時）の連鎖ボーナス表です。

連結ボーナス

連結ボーナスは、消えた色ぷよの集まりの個数で与えられる点数です。5個以上の集まりが消えた場合に与えられます。
同時消しの場合は、それぞれに点数が与えられます。

表7は、対戦ルール別の連結ボーナス分類です。
表8は、連結ボーナス表です。
図1は、連結ボーナス計算のための連鎖例です。

図1で、○□△は消えるぷよを示しています。

【クラシックタイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは3点（6個）、真ん中の黄色は2点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

【フィーバータイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは2点（6個）、真ん中の黄色は1点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

複色ボーナス

複色ボーナスは、同時消しの色数に与えられる点数です。2色以上の集まりが消えた場合に与えられます。
同時消しとして計算されるのは、箇所数ではなく色数です。
2箇所同時消しであっても、1色の場合は0となります。

表9は、対戦ルール別の複色ボーナス分類です。
表10は、複色ボーナス表です。
図2・図3は、複色ボーナス計算のための連鎖例です。

図2・図3で、○□△は消えるぷよを示しています。

【図2：クラシックタイプ】
2連鎖目は、6点（3色：黄青赤）です。

【図2：フィーバータイプ】
2連鎖目は、4点（3色：黄青赤）です。

【図3：クラシックタイプ】
2連鎖目は、3点（2色：黄青）です。

【図3：フィーバータイプ】
2連鎖目は、2点（2色：黄青）です。

落下ボーナス

落下ボーナスは、組ぷよの高速落下に与えられる点数です。
モード・対戦ルールの違いなく軸ぷよ1段につき1点となります。
ただし、この落下ボーナスだけはおじゃまぷよ発生量には影響しません。得点としては追加されるのにおじゃまぷよの個数の増加に寄与しないということです。この特徴は、ぷよぷよ！とは異なります。
ぷよぷよ！の場合は、落下ボーナスが対象となるため、4個の単発消しでも落下ボーナスのたまり方によっては数個降ってきますが、ぷよぷよフィーバーではおじゃまぷよレートに届かないのでおじゃまぷよは降ってきません。

表11は、落下ボーナス表です。

全消しボーナス

全消しボーナスは、全消しを行った際に与えられる効果・点数です。
全消しについての詳細は、第1章：ルール（ぷよフィ）→「全消し（Winぷよフィ）」を参照ください。

表12は、対戦ルール別の全消しボーナス分類です。
表13は、「クラシックルール」での全消しボーナス表です。

おじゃまぷよ算に組み込まれるのは、「クラシックルール（ふたりでぷよぷよ）」のみで、おじゃまぷよ算へ全消しボーナスとして計算されるのは、全消しを行った次の連鎖時となります。
よって、全消しを行った連鎖そのものの攻撃力は変化せず、次回の連鎖（ぷよ消去）時の攻撃力が岩ぷよ一つ分大きくなります。

マージンタイム後のおじゃまぷよレートの修正は考慮されていないので、岩ぷよ1つ分以上の攻撃力が発生することもあります。
このことからも、マージンタイムは「得点」ではなく「おじゃまぷよレート」を修正していることが分かります。

おじゃまぷよレート

おじゃまぷよレートは、連鎖の得点を何個のおじゃまぷよに変えるかを決めるパラメータです。
対戦ルールによりおじゃまぷよレートは異なり、同じ連鎖数（＝得点）でもおじゃまぷよの発生個数は違ってきます。

表14は、対戦ルール別のおじゃまぷよレートです。

マージンタイム

マージンタイムは、おじゃまぷよレートを変化させる時間です。
試合時間がマージンタイムを過ぎると、おじゃまぷよレートは小さくなり、そのため少ない連鎖でも多くのおじゃまぷよが降ることになります。

表15は、対戦ルール別のマージンタイム分類です。
表16は、マージンタイムの規則です。
表17は、フリー対戦（おじゃまぷよレート120・マージンタイム192秒）の場合のおじゃまぷよレートの変化です。

難易度補正

難易度補正は、難易度選択による得点の補正値です。
対戦ルールによっては、難易度により連鎖ボーナスが補正されます。
補正対象は連鎖ボーナスのみで、その他のパラメータ（連結ボーナス・複色ボーナス等）は対象外です。

表18は、対戦ルール別の難易度補正です。

エディットルール補正、トラップルール補正

「エディットルール（ふたりでぷよぷよ）」では「レート」「フィーバー補正」にて得点の補正が行われます。
基本ボーナス値（連鎖ボーナス・連結ボーナス・複色ボーナス）が対象となり、「レート」では通常モード、「フィーバー補正」はフィーバーモードの得点が補正さえます。
「レート」「フィーバー補正」は100の場合が補正なしで、小さくすれば少なく、大きくすれば大きくなります。
エディット項目の説明は、第3章：ゲームモード（ぷよフィ）→「エディットルール（Winぷよフィ）」を参照ください。

「トラップルール（ふたりでぷよぷよ）」では、フィーバーモードの得点が補正されています。「フィーバー補正：20」と同じ補正となります。

表19は、エディットルールでの補正です。

おじゃまぷよ算の計算例

図4は、計算対象の連鎖です。
表20は、前提条件です。
表21・表22・表23は、おじゃまぷよ算です。

図4の左図は単純な5連鎖。図4の中央図は2連鎖トリプル。図4の右図は4連鎖目ダブルの5連鎖トリプルです。

「前回の連鎖の端数得点は？」というつっこみはご勘弁ください。

1連鎖目の「＋1」は連結ボーナス（5個）です。

1連鎖目の「＋7」は連結ボーナス（10個）です。
2連鎖目の「3×5」は連結ボーナス（6個が5組）、「＋6」は複色ボーナス（3色）です。
得点の2,100は、今回発生する全消しボーナスの得点。これがおじゃまぷよ算に組み込まれるのは次回連鎖発生時で、今回の連鎖には組み込まれません。
おじゃまぷよ個数の2,100は、前回の全消しボーナスの組み込み分です。

1連鎖目の「1」は0の場合の1への補正です。
4連鎖目の「＋2」は複色ボーナス（2色）です。
5連鎖目の「＋4」は複色ボーナス（3色）です。