連鎖のタネの降ってくるトリガとしては、「全消し」「フィーバーモード」「ずっとフィーバー」「とことんフィーバー」などがあります。
Wii版ぷよぷよ！のみ最小連鎖数が異なります。詳細は、第1章：ルール（ぷよ！）→「フィーバー（Wii版ぷよ！）」を参照ください。
表1は、トリガ別の連鎖のタネの特徴です。
| タネ連鎖数 | 色数 | 連鎖のタネ余分ぷよ | |
|---|---|---|---|
| 全消し ぷよぷよフィーバー はっくつ ばくだん だいかいてん サーチライト こおりづけ |
4連鎖のみ | 難易度により3〜5色（※1） | 1〜4個の余分な色ぷよ |
| フィーバーモード ぷよぷよフィーバー サーチライト |
5〜15連鎖 | 難易度により3〜5色（※3） | 1〜4個の余分な色ぷよ |
| ずっとフィーバー ずっとフィーバー |
3〜15連鎖（※2） | 4色（※3） | 1〜4個の余分な色ぷよ |
| とことんフィーバー とことんフィーバー |
5〜15連鎖 | 難易度により3〜5色 | 余分な色ぷよなし（※4） |
「ずっとフィーバー」で選択する難易度により、ゲーム開始時のタネ連鎖数が変わってきます。
表2は、「フリーたいせん」「みんなでぷよぷよ」における「ずっとフィーバー」の初期タネ連鎖数です。
| 激甘 | 7連鎖のタネから |
|---|---|
| 甘口 | 6連鎖のタネから |
| 中辛 | 5連鎖のタネから |
| 辛口 | 4連鎖のタネから |
| 激辛 | 3連鎖のタネから |
なお、「ストーリー」における「ずっとフィーバー」の初期タネ連鎖数は「せってい」の「なんいど」によらず5連鎖のタネからとなります。
連鎖のタネは、「階段」「鶴亀階段」「カギ階段複合」「カギ積み」「平積み」「挟み込み」「サブマリン」「カウンター」の8つの連鎖系列に分類できます。
前作「ぷよぷよフィーバー」「ぷよぷよフィーバー2」に比べ、連鎖系列が4（座布団、階段、カギ積み、平積み）→8に増えているので判別しにくくなっています。
あえて説明不要かもしれませんが、連鎖系列の名前は連鎖のタネの代表的特長を説明するためであり、厳密にはその他の特徴を含んでいます。（例：「階段」は最下段が階段積みベースとなっていて、連鎖数が大きい場合は連鎖開始部・最終連鎖等で挟みの要素が入っている。）
表3は、連鎖系列の特徴です。
| 5連鎖、4色 余分ぷよあり |
特徴 | ||
|---|---|---|---|
| 階 段 |
|
・連鎖の最下段が階段。 ・大連鎖（余分ぷよありで12連鎖以上、余分ぷよなしで11連鎖以上）で左側での折り返しが「挟み折り返し」となる。（鶴亀階段の場合は、階段折り返しのみ） ・最終連鎖のみ挟みとなるケースあり。鶴亀階段の場合は、挟みが複数連鎖となる場合が多い。ただし、余分ぷよなし11連鎖の場合は例外（階段でも挟みが複数連鎖となる）。 ・最下段の連鎖は左から右に進む。 「最下段：階段、左から右」 |
|
| 鶴 亀 階 段 |
|
・連鎖の最下段が階段積み。ただし、最下段後半で階段→階段の鶴亀（※1）がある。 ・連鎖数が大きいとき、鶴亀（※1）後の連鎖尾が多重の挟み込み・めくり挟み込み・めくり階段のケースが多い。 ・左側での折り返しが例外なく「階段折り返し」となる。 ・大連鎖（余分ぷよありで13連鎖以上、余分ぷよなしで12連鎖以上）で発火点が縦3個直線となっている。 ・8連鎖のタネが9連鎖分となる例外／バグ（※2）がある。 ・最下段の連鎖は左から右に進む。 「最下段：階段（鶴亀ライク）、左から右」 | |
| カ ギ 階 段 複 合 |
|
・連鎖の最下段が挟み込みと階段積みの複合形。ただし余分ぷよなしでは挟み込みの代わりに3列に跨る階段との複合のケースがある。 ・左側での折り返しが例外なく「挟み折り返し」となる。 ・最下段の連鎖は左から右に進む。 「最下段：挟み（一部3列階段）＋階段、左から右」 |
|
| カ ギ 積 み |
|
・連鎖の最下段が4段利用の挟み込みのみで構成。最下段での挟み込みの基本形はカギ積み、横螺旋となる。 ・左側での折り返しが例外なく「挟み折り返し」となる。 ・最下段の連鎖は左から右に進む。 「最下段：挟み、左から右」 |
|
| 平 積 み |
|
・連鎖の最下段が平積み（3段利用の挟み込み）。ただし、最終連鎖のみ4段目利用となる場合がある。 ・最下段以外でもほぼ平積みで構成される。 ・最下段の連鎖は左から右に進む。 「最下段：平積み（3段挟み）、左から右」 |
|
| 挟 み 込 み |
|
・連鎖の最下段が右から左に進む挟み込み。ただし余分ぷよありの3連鎖・4連鎖・6連鎖・7連鎖、および余分ぷよなしの6連鎖、7連鎖は例外。 ・最終連鎖が3列以上の拡散になるケースが多い。 ・右側での折り返しは、サブマリンにはならない。 「最下段：挟み（サブマリン要素なし）、右から左」 |
|
| サ ブ マ リ ン |
|
・右側での折り返しは、サブマリンとなる。 ・連鎖の最下段が右から左に進む。サブマリン的な要素が有るか否かで挟み込みと区別する。 ・発火点以外にも発火可能な色ぷよがあるので発火ミスを起こしやすい。 ・最下段の連鎖は左から右に進む。 「最下段：挟み（右下サブマリン）、右から左」 |
|
| カ ウ ン タ ー |
|
・連鎖開始部が、左2列の天国系連鎖である。連鎖の一部が上螺旋となっている。 ・上螺旋部分がカウンターとなっている。 ・大連鎖では、連鎖尾で鶴亀から多重挟み込みにつながる。 「左2列：上螺旋」 |
表3で、○△☆□は余分ぷよです。
表3の中の5連鎖のタネは、●（赤ぷよ）からの連鎖開始となっています。
表1に示したとおり、モード・対戦ルールによって連鎖のタネの色数（3色〜5色）、余分ぷよ（有無）が異なります。
連鎖数・連鎖系列が同じであれば色数の違いによる連鎖の形の違いはほとんどない、しかし余分ぷよの有無による違いはある（しかし多少似た傾向はある）。
色数の違いによる連鎖形の違いはほんの僅かで、多くの場合は色が変更されているだけです。
同一連鎖数・同一系列・色数のみの違い：連鎖形は同一もしくは似ている
同一連鎖数・同一系列・余分ぷよの有無：連鎖形は異なる（似た傾向は多少あり）
連鎖のタネは、基本的には4つずつ消えるようなネタが落下してきますが、連鎖の途中で5個消しが発生するものもあります。
この例外は余分ぷよなしのほうが顕著で、余分ぷよありの場合は、「7連鎖・階段・5色」の2蓮差目だけ（296パターン中1パターンのみ）が5個消しとなります。
連鎖のタネの落下法則の補足です。
表4は、3色制限の配色シフトです。
表5は、4色制限の配色シフトです。
表6は、5色制限の配色シフトです。
| ● | ★ | ▲ | 3色5連鎖 余分ぷよあり |
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|---|---|---|---|---|---|
| シフトなし ●→● |
● | ★ | ▲ |
|
|
| 1シフト ●→★ |
★ | ▲ | ● |
|
|
| 2シフト ●→▲ |
▲ | ● | ★ |
|
| ● | ★ | ▲ | ■ | 4色5連鎖 余分ぷよあり |
||
|---|---|---|---|---|---|---|
| シフトなし ●→● |
● | ★ | ▲ | ■ |
|
|
| 1シフト ●→★ |
★ | ▲ | ■ | ● |
|
|
| 2シフト ●→▲ |
▲ | ■ | ● | ★ |
|
|
| 3シフト ●→■ |
■ | ● | ★ | ▲ |
|
| ● | ★ | ▲ | ■ | ◆ | 5色5連鎖 余分ぷよあり |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|
| シフトなし ●→● |
● | ★ | ▲ | ■ | ◆ |
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|
| 1シフト ●→★ |
★ | ▲ | ■ | ◆ | ● |
|
|
| 2シフト ●→▲ |
▲ | ■ | ◆ | ● | ★ |
|
|
| 3シフト ●→■ |
■ | ◆ | ● | ★ | ▲ |
|
|
| 4シフト ●→◆ |
◆ | ● | ★ | ▲ | ■ |
|
連鎖のタネは、13の連鎖のタネ数（3〜15連鎖のタネ）、3つの色数（3・4・5色）、8つの連鎖系列（階段・鶴亀階段・カギ階段複合・カギ積み・平積み・挟み込み・サブマリン・カウンター）、2つの余分ぷよタイプ（余分あり、余分なし）に分類可能です。
ただし、表1のとおり余分ぷよなしには3連鎖のタネ・4連鎖のタネはありません。また、余分ぷよありの3連鎖も4色のみです。
よって組み合わせは、（12×3＋1）×8＋11×3×8＝560パターンとなります。
また、色シフトによるスタート色も区別した場合は、（12×3＋13×4＋12×5）×8＋11×（3＋4＋5）×8＝2,240パターンとなります。
「ぷよぷよフィーバー」（対戦ルールでなく作品）は連鎖系列が少ないので、1,248パターンと少ないです。
「ぷよぷよフィーバー」に関しては、第1章：ルール（ぷよフィ）→「連鎖のタネ（Winぷよフィ）」を参照ください。
連鎖ネタの全パターン（2,240パターン）は、量が膨大なため以下のページに分けて記載します。
なお、以下はDS版のみで、PSP版＆PS2版やWii版では、連鎖のタネが若干違います。これは鶴亀階段8連鎖の変更・連鎖のタネ最小連鎖数変更のためです。
第2章：キャラクター（ぷよ！）→「DS版ぷよぷよ！ ： COM同士対戦」各ページの次に調査に時間がかかりました。