連鎖ボーナス

連鎖ボーナスは、おじゃまぷよ算の得点のメインで、連鎖数が増えるほど大きくなります。
連鎖数に対する点数は、対戦ルール・キャラ・通常モード/フィーバーモードによって異なります。
なお、キャラ差が現れるのは、ぷよぷよフィーバー、サーチライトのみです。

表1は、対戦ルール別の連鎖ボーナス分類です。
表2は、クラシックタイプの連鎖ボーナス表です。
表3は、フィーバータイプ（通常時）の連鎖ボーナス表です。
表4は、フィーバータイプ（フィーバー時）の連鎖ボーナス表です。

DS版ぷよぷよ！では、「とことんたいせん」の「ぷよぷよ」「ぷよぷよ通」では計算バグにより、フィーバータイプのアミティが適用されています。
なお、DS版以外では修正されています。
また、DS版でもスペシャルプライス版に関しては修正されています。

連結ボーナス

連結ボーナスは、消えた色ぷよの集まりの個数で与えられる点数です。5個以上の集まりが消えた場合に与えられます。
同時消しの場合は、それぞれに点数が与えられます。

表5は、対戦ルール別の連結ボーナス分類です。
表6は、連結ボーナス表です。
図1は、連結ボーナス計算のための連鎖例です。

図1で、○□△は消えるぷよを示しています。

【クラシックタイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは3点（6個）、真ん中の黄色は2点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

【フィーバータイプ】
2連鎖目で下の青ぷよは2点（6個）、真ん中の黄色は1点（5個）、上の赤ぷよは0点（4個）です。

複色ボーナス

複色ボーナスは、同時消しの色数に与えられる点数です。2色以上の集まりが消えた場合に与えられます。
同時消しとして計算されるのは、箇所数ではなく色数です。
2箇所同時消しであっても、1色の場合は0となります。

表7は、対戦ルール別の複色ボーナス分類です。
表8は、複色ボーナス表です。
図2・図3は、複色ボーナス計算のための連鎖例です。

DS版ぷよぷよ！では計算バグにより、赤ぷよと緑ぷよの2色消しの場合の点数が0になっています。
他の色の組み合わせや、3色以上は問題なく、表8の点数となります。
なお、DS版以外では修正されています。

図2・図3で、○□△は消えるぷよを示しています。

【図2：クラシックタイプ】
2連鎖目は、6点（3色：黄青赤）です。

【図2：フィーバータイプ】
2連鎖目は、4点（3色：黄青赤）です。

【図3：クラシックタイプ】
2連鎖目は、3点（2色：黄青）です。

【図3：フィーバータイプ】
2連鎖目は、2点（2色：黄青）です。

落下ボーナス

落下ボーナスは、組ぷよの高速落下に与えられる点数です。
モード・対戦ルールの違いなく軸ぷよ1段につき1点となります。

表9は、落下ボーナス表です。

全消しボーナス

全消しボーナスは、全消しを行った際に与えられる効果・点数です。
全消しについての詳細は、第1章：ルール（ぷよ！）→「全消し（DS版ぷよ！）」を参照ください。

表10は、対戦ルール別の全消しボーナス分類です。
表11は、「ぷよぷよ通」での全消しボーナス表です。

おじゃまぷよ算に組み込まれるのは、「ぷよぷよ通」のみで、おじゃまぷよ算へ全消しボーナスとして計算されるのは、全消しを行った次の連鎖時となります。
よって、全消しを行った連鎖そのものの攻撃力は変化せず、次回の連鎖（ぷよ消去）時の攻撃力が岩ぷよ一つ分大きくなります。

マージンタイム後のおじゃまぷよレートの修正は考慮されていないので、岩ぷよ1つ分以上の攻撃力が発生することもあります。
このことからも、マージンタイムは「得点」ではなく「おじゃまぷよレート」を修正していることが分かります。

おじゃまぷよレート

おじゃまぷよレートは、連鎖の得点を何個のおじゃまぷよに変えるかを決めるパラメータです。
対戦ルールによりおじゃまぷよレートは異なり、同じ連鎖数（＝得点）でもおじゃまぷよの発生個数は違ってきます。

表12は、対戦ルール別のおじゃまぷよレートです。

同じ連鎖でも「ばくだん」「はっくつ」は他の対戦ルールよりもおじゃまぷよが少なくなっています。

マージンタイム

マージンタイムは、おじゃまぷよレートを変化させる時間です。
試合時間がマージンタイムを過ぎると、おじゃまぷよレートは小さくなり、そのため少ない連鎖でも多くのおじゃまぷよが降ることになります。

表13は、対戦ルール別のマージンタイム分類です。
表14は、マージンタイムの規則です。
表15は、ぷよぷよフィーバー（おじゃまぷよレート120・マージンタイム192秒）の場合のおじゃまぷよレートの変化です。

難易度補正

難易度補正は、難易度選択による得点の補正値です。
対戦ルールによっては、難易度により連鎖ボーナスが補正されます。
補正対象は連鎖ボーナスのみで、その他のパラメータ（連結ボーナス・複色ボーナス等）は対象外です。

表16は、対戦ルール別の難易度補正です。

だいかいてん補正

だいかいてん補正は、だいかんてんによる得点の補正値です。
「だいかいてんにより連鎖が始まる」「だいかいてんを挟んで連鎖となる」場合、得点が補正されます。
1連鎖毎に補正され、基本ボーナス値（連鎖ボーナス・連結ボーナス・複色ボーナス）が対象となります。

表17は、だいかいてん補正です。

とことんフィーバー補正

とことんフィーバー補正は、とことんフィーバーでの得点の補正値です。
とことんフィーバーでのレベル分得点が増大（レベルが5なら5倍、10なら10倍）します。
基本ボーナス値（連鎖ボーナス・連結ボーナス・複色ボーナス）が対象となります。
だいかいてん補正と異なり、1連鎖毎ではなく連鎖開始時の補正が連鎖終了まで有効となります。よって、連鎖の途中でレベルが上がっても次の連鎖からその値が適用されます。

表18は、とことんフィーバー補正です。

得点計算表示

連鎖で、色ぷよが消えるたびにおじゃまぷよにより発生する得点が表示されます。
「Ａ×Ｂ」の形式で表示され、Ａは消去ぷよ数×10で、Ｂは【基本ボーナス値】×難易度補正×だいかいてん補正です。

表19は、対戦ルール別の得点計算表示の有無です。

その他の補正

1対1以外の対戦にはおじゃまぷよの発生量が補正されます。
「みんなでぷよぷよ」の「みんなでぷよぷよ」「もっとみんなでぷよぷよ」のおじゃまぷよ補正は、第3章：ゲームモード（ぷよ！）→「みんなでぷよぷよ（DS版ぷよ！）」を参照ください。
「Wi-Fi」の「4人でフィーバー」「4人でぷよ通」、「ともだち募集」「ともだち参加」での2人以上対戦でのおじゃまぷよ補正は、第3章：ゲームモード（ぷよ！）→「Wi-Fi（DS版ぷよ！）」を参照ください。

通常モードとフィーバーモードの両方が存在する対戦ルールで、フィーバー時の連鎖倍率をルールエディットにてフィーバー補正として変更できます。
フィーバー補正については、第3章：ゲームモード（ぷよ！）→「対戦ルール（DS版ぷよ！）」を参照ください。

おじゃまぷよ算の計算例

図4は、計算対象の連鎖です。
表20は、前提条件です。
表21・表22・表23は、おじゃまぷよ算です。

図4の左図は単純な5連鎖。図4の中央図は2連鎖トリプル。図4の右図は4連鎖目ダブルの5連鎖トリプルです。

表19の記載以外は、設定変更・ルールエディットは行っていないとします。
「落下ボーナスは？高速落下していないのは変！！」「前回の連鎖の端数得点は？」というつっこみはご勘弁ください。

1連鎖目の「＋1」は連結ボーナス（5個）です。

1連鎖目の「＋7」は連結ボーナス（10個）です。
2連鎖目の「3×5」は連結ボーナス（6個が5組）、「＋6」は複色ボーナス（3色）です。
得点の2,100は、今回発生する全消しボーナスの得点。これがおじゃまぷよ算に組み込まれるのは次回連鎖発生時で、今回の連鎖には組み込まれません。
おじゃまぷよ個数の2,100は、前回の全消しボーナスの組み込み分です。

4連鎖目の「＋2」は複色ボーナス（2色）です。
5連鎖目の「＋4」は複色ボーナス（3色）です。