DNA oligo calculator [v0.705]
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HT_genetics
PCR および類似実験に用いられる DNA oligo と標的 DNA の間の Tm（融解温度）を予測計算します。入力可能な DNA 配列の長さは 9 塩基以上で
150 塩基以内であり、使用文字は ASCII の AGTC のみ。配列情報はサーバーへ送信されずに、計算はウェブブラウザで行われます。
長さが 14 塩基以下の DNA oligo では、以下の Wallace 法に塩濃度補正した式で Tm を計算します。
Tm = (wA+xT)×2 + (yG+zC)×4 − 16.6×log10(0.050) + 16.6×log10([Na+])
長さが 15 塩基以上の DNA oligo では、以下の nearest-neighbor 法の計算式で Tm を計算します。
Tm = (1000×∑ΔH) / (-10.8 + ∑ΔS + (R×ln(primer_conc / 4)) ) + (16.6×log10([Na+])) − 273.15
カリウム濃度を 50 mM、マグネシウム濃度を 1.5 mM とし、この条件に基づいてナトリウムの同等濃度を推定し、計算式に使用しています。5' から 3' へ順に最近接塩基対 ( 2 塩基ずつ) を選択して計算する手法であり、ΔH は最近接塩基対のエンタルピー（熱含量）、ΔS は最近接塩基対のエントロピー（乱雑さ）に相当します。R は気体定数で、プライマーの濃度は 0.25 μM と仮定しています。
DNA 塩基配列の類似性検索のための blastn サービスなどの外部リンク
BLAST (NCBI)
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
Database: Standard databases -> RefSeq Genome Database (refseq_genomes) にしてゲノム配列のみを選択。
Organism: 生物種名と taxonomy (分類) ID を入力。
Caenorhabditis elegans (taxid:6239), 線虫シーエレガンス
Homo sapiens (taxid:9606), ヒト
Mus musculus (taxid:10090), ハツカネズミ
Rattus norvegicus (taxid:10116), ラット（溝鼠）
Gallus gallus (taxid:9031), ニワトリ
Xenopus laevis (taxid:8355), アフリカツメガエル
Oryzias latipes (taxid:8090), メダカ
Danio rerio (taxid:7955), ゼブラフィッシュ
Drosophila melanogaster (taxid:7227), キイロショウジョウバエ
Ciona intestinalis (taxid:7719), カタユウレイボヤ
Arabidopsis thaliana (taxid:3702), シロイヌナズナ
Oryza sativa ssp. japonica (taxid:39947), 稲
Triticum aestivum (taxid:4565), パン小麦
Hordeum vulgare (taxid:4513), 大麦
Glycine max (taxid:3847), 大豆
Nicotiana tabacum (taxid:4097), 煙草
Saccharomyces cerevisiae (taxid:4932), 出芽酵母
Schizosaccharomyces pombe (taxid:4896), 分裂酵母
Chlamydomonas reinhardtii (taxid:3055), クラミドモナス
Tetrahymena thermophila (taxid:5911), 繊毛虫テトラヒメナ
Dictyostelium discoideum (taxid:44689), 細胞性粘菌
Synechocystis sp. PCC 6803 (taxid:1148), シアノバクテリア
Bacillus subtilis (taxid:1423), 枯草菌
Escherichia coli (taxid:562), 大腸菌