独特な模様をもった花を咲かせます。花冠の裂片の先には黒紫色の斑点があり、これを夜明けの空に見たてて曙草の名がついたそうです。また花冠の裂片の中央部やや上方には黄緑色の蜜腺溝が２つあり、よくここにアリなどが集っています。

雄しべは５本、雌しべは１本ですが、雌しべに花柱はありません。