このゲームには、320個の宝箱が存在します。
他の宝箱をすべて開けた状態でフォーチュンギアにある黒い宝箱を調べると、ブラックボックスとの戦闘になり、ブラックボックスを倒すと、「Exファイルキー」を入手できます。
期間限定のダンジョン(第17号調査ポイント、竜機 果つる墓所など)には、必ず入手することになる「ラジカルスニーカー」以外の宝箱は存在しません。クリア直前でも、開け忘れた宝箱を、すべて開けることができます。
あるアイテムを99個持っている状態で、そのアイテムが入っている宝箱を開けると、アイテムを取ったことにはなりません。部屋から出ると、宝箱は閉じた状態に戻ります。