トリビア
●『ザ・スーパー忍II』は1991年末に発表され、当初は1992年に発売される予定だった。だがゲームの完成度を高めるため、セガは発売延期を決断し、最終的に1年後の1993年7月に発売された。後に本作ディレクターの伊藤知行は、「途中まで組み上げたステージをプレイして面白みに欠けると感じ、開発スタッフで話し合い全ステージを作り直すこととしました」と語っている。事実、この時点でゲームの大部分は一度完成していたようで、当時のゲーム雑誌には製品版とはまったく異なるステージやキャラクターの画面写真が多数掲載されており、海外のゲーム雑誌では発売前のレビューまで行われていた（参考1／参考2）。
『BEEP！メガドライブ』1992年11月号（1992年10月8日発売） 『BEEP！メガドライブ』1993年2月号（1993年1月8日発売）
●ディレクターの伊藤知行、作曲の村崎弘史ら、『ザ・スーパー忍II』の開発スタッフはセガサターンの『クロックワークナイト　ペパルーチョの大冒険』にも参加しており、さらにプロデューサーは前作『ザ・スーパー忍』のディレクターを務めた大場規勝である。 ●『ザ・スーパー忍II』のプログラマーを務めた矢島利明は、後にスクウェアで『フロントミッション オルタナティヴ』のメインプログラム、モノリスソフトで『ゼノサーガ』シリーズのメインプログラムなどを担当している。 ●『ザ・スーパー忍II』の開発当時、メガソフトと同じビルにトレジャーも入っており、本作のスタッフはトレジャーから開発中の『ガンスターヒーローズ』を見せてもらうなど、多くのアドバイスを受けた。馬やサーフボードによるチェイスシーンの導入は、トレジャー作品のスピーディーな展開に後押しされた面も大きい。 ●『ザ・スーパー忍II』のスタッフにはサイバーパンク好きが多く、背景やメカのデザインは『ブレードランナー』や『アップルシード』の影響を受けている。また一部のシーンは、ジェームズ・ボンド（007）映画や、寺沢武一のコミック『コブラ』なども参考にしている。 ●前作『ザ・スーパー忍』に登場したジョー・ムサシの許婚ナオコは、本作には登場しない。当時のゲーム雑誌には、「新生NEO ZEEDがムサシをおびき寄せるため、再び忍の里を壊滅させ、ナオコもその犠牲となった」という記述がある。ただし、取扱説明書やゲーム中には同様の記述はなく、この設定はあまり重要視されていないと思われる。
北米ジェネシス版パッケージ・表 （クリックで拡大表示）	北米ジェネシス版パッケージ・裏 （クリックで拡大表示）
●海外では『ザ・スーパー忍（The Revenge of Shinobi）』を1作目、『シャドー・ダンサー（Shadow Dancer: The Secret of Shinobi）』を2作目としてカウントするため、『ザ・スーパー忍II』の海外版タイトルは『Shinobi III: Return of the Ninja Master』となっている。ただファンの間では、初代『忍（Shinobi）』を1作目、『ザ・スーパー忍』を2作目とする説もある。 ●海外版のパッケージイラストには、本編に登場しない火炎放射器を持った敵が描かれているが、これは前述したベータ版の名残である。 ●最終ボス・シャドーマスターの正体については特に説明がないが、北米ジェネシス版のパッケージ裏には、「シャドーマスターはジョー・ムサシのクローンである」という記述がある。ただし、取扱説明書やゲーム中には同様の記述はなく、この設定はあまり重要視されていないと思われる。
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