1986年、東映、八手三郎原作、曽田博久脚本、堀長文監督作品。
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改造実験帝国メスのラー・デウス（声-石塚運昇）と大博士リー・ヶフレン（清水鉱治）は、ラボー改造実験基地に地球の動物を捕まえて来て、宇宙生命と地球生命の遺伝子を合体させて改造生命体を作り出す野望を抱く。
ラボーは、地球上の動物たちを次々に吸収して行く。
その頃、地球のとある場所にある「子供動物園」では、子供達が身近な動物を飼っていたが、そこもラボーの餌食にされ、女の子が子犬のポチ一匹を助け出すのだった、
その頃、ラボーを追っていたフラッシュマンたちは、個別に獣戦士ザ・ガラゴスに襲われる。
グリーンフラッシュ（植村喜八郎）は、ダムで襲われる。
ブルーフラッシュ（石渡康浩）は崖で襲われる。
イエローフラッシュ（中村容子）もピンクフラッシュ（吉田真弓）も襲われ、水中に落ちてしまう。
このガラゴスは、鷹の目、いるかの素早さ、蜘蛛の動き、豹のジャンプ力、ゴリラの怪力などを供えた最強の獣戦士だった。
その頃、合流して、貨物列車にしがみついて逃げるフラッシュマンたち。
しかし、犬の嗅覚を持ったガラゴスは、そんな彼らを追って来た。
列車上で、レー・ワンダ（広瀬匠）やレー・ネフェル（萩原さよ子）と戦うフラッシュマンたち。
そんな中、ガラゴスの足元にやって来た子犬のポチが、その足先をなめると、ガラゴスは急におとなしくなり、逃げてしまう。
そこへポチを探しに来た子供達がやって来て、フラッシュマンたちに「子供動物園」の事、さらわれた犬の中にポチの母親がいた事などを教えるのだった。
その後、ポチとガラゴスの関係に気づいたメスは、子供動物園を襲撃して来る。
ポチを守る為に、ジンたちは、めいめいにその子犬を渡して行く。
その後、ジンたちも、ポチとガラゴスの関係に気づく。
ガラゴスの遺伝子の中には、ポチの母犬も混入している為、互いに惹かれ合ってしまうのだ。
そこにラボー戦闘機が飛来して来て来る。
逃げるジンたちは、食事中の人の家の中を通過してしまい、出て来た時にはサンマをくわえていた。
バイクに乗って逃げるジンだったが、崖から墜落してしまう。
しかし、ジンはポチを抱えて、何とか、崖の途中の枝にしがみついていた。
これ以上、ポチを争いに巻き込めないと判断したジンは、やって来たマグにポチを預けるのだった。
そこに、他のメンバーたちが助けに駆け付け、自分達がフラッシュ星から帰って来た意味を悟るのだった。
プリズムフラッシュ！
そこへ、ガラゴスが攻撃して来る。
大爆発が起き、フラッシュマンたちは一斉に崖下に飛び下りる。
そこには、マグが用意したフラッシュホークがあった。
フラッシュスピード！
ホークミサイル！
ハリケーンボルト！
フラッシュバルカン！ローリングバルカン！
ガラゴスは大爆発するが、そこにクラーゲンが出現、ガラゴスを巨大化した後、自らは縮んでしまう。
スターコンドル発進！
タンクコマンド発進！ジェットデルタ発進！ジェットシーカー発進！スペースコマンドミサイル！
ジェットシーカービーム！
合体！フラッシュクロス！
キングミサイル！でガラゴスの目を攻撃、ジャンプしてコスモソード、スーパーコズモフラッシュを浴びせて、ガラゴスは大爆発してしまうのだった。
子供動物園に戻って来た子供達は、動物たちが戻っており、その中に、あのポチの姿も発見する。
近くの木の枝には、「この動物たちは、皆、親がいない子供達なので、面倒を観てくれ」と、フラッシュマンからの手紙が残されていた。
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「超新星フラッシュマン」の最初の劇場版。
上映時間が短い事もあり、シンプルなストーリーで、フラッシュマンたちの設定を簡略に説明している。
貨物車上でのアクションは、相変わらずトリックがなく、見ごたえがある。
