まず最初に、初期設定ボタンを押します。
その後から、移動に左スティック、カメラに右スティックを割り当て、メニューの割当ては行わないようにします。
これは実際にやってみればわかるのですが、初期設定直後にテストを行うと、ちゃんとメニューに方向パッドがあたるのですが、割り当てを行うと、何故か反応せず、以後どうやっても、再度「初期設定」ボタンを押さないと、割り当てられない状態になります。
（※．2007.01.11追記：環境によっては、うまく割り当てできる場合がある模様ですので、一回割り当てを行ってみて、出来ない場合には上記方法を試してみてください）。
そして各ボタンを割当てます。↑は自分が設定した一例です。Xboxガイドボタンも割当てることが出来ます。
最後に「GAMEPAD Test」から動作確認を行い完了です。