いろいろな方法がありますが、その場で手軽にできる方法として ウインドウズ標準のデフラグをしてみましょう
[スタート]→[プログラム]→[アクセサリ]→[システム ツール]→[ディスク デフラグ] で下図になります
まずここから最適化したいドライブを選んでください
この[最適化]ボタンをクリックすれば最適化が始まります HDDのサイズ等により作業時間は違います(長いと一晩かかることもあるとか)
ここ